堵胤锡摇摇头，轻叹道:“知耻而后勇，现在回来，还是好的，至少还要点脸。这几年来官军皆望风而降，这些各地军将没有屈膝投降清虏就不错啦。”
万元吉问道:“堵巡抚，依你之见，放他们进城好还是不放？”
堵胤锡道:“你是江西总督大人，你来做主。”
杨廷麟在旁插言道:“还是放他们进来吧，进来也可以增加守城的力量，不管怎么说，他们从各地千里驰援，没有功劳也有苦劳，虽然有些见风使舵，但归根结底没有投降清虏。”
堵胤锡“嗯”了一声，算作附和。万元吉对身旁的副将叫道:“去通知守门将领，放他们进来吧。”
城下的各地援军忽喇一声，纷纷开始进城，又是一阵人嚷马嘶。
杨廷麟说道:“我们也去看看去吧。”
三位督抚大人带着一众副将下得城来，在城门附近看视进城来的各军将士。
率军回来的有滇将赵印选、胡一青；两广总督丁魁楚派的童以振、陈课部；广东将领龚棻、黎遂球部。湖广总督何腾蛟派来的总兵曹志建领兵二千名，已经逃回湖南。
众将看见堵胤锡、万吉元、杨廷麟诸人，皆面有愧色，纷纷对他们抱拳请罪道:“末将无能，守城不力，大敌当前，却私自撤退，羞愧无地，末将愿戴罪立功，杀贼于赣州城下。”
杨廷麟拱手道:“诸将辛苦，待稍作歇息，再从长计议。”
各将领着各军进城安顿去了。
堵胤锡对杨廷麟、万元吉二人道:“我们都是文官带兵，于行伍之事并不精通，此时应当派出探子四出打探清虏动静，决不能坐守孤城。此外还应夺回周围的南康县、上犹县。派兵将驻守，以作犄角之势。方保万全之策。”
二人点头称善，说:“堵大人思虑得很是，只是派何人前去恢复两城为好呢？”
堵胤锡看了看二人，说道:“城中将领、士兵虽多，然战力、火器皆不强，守城尚且勉为其难，出城作战难保一触即溃。还是我带上本部人马去吧。”
二人都赞扬堵胤锡忠勇无私，高风亮节。
金声桓和清军总兵柯永盛等正龟缩于上犹县城，等待南京方面洪承畴处发来的援军。时南京派出的满清将领巴布泰和屯泰率领的一支八旗军正兼程赶来，在路上逡巡了十余日，于十日后到达上犹县城，与金声桓部汇合。
南康县城已被堵胤锡夺回，上犹县城却久攻不下，反而被金声桓趁夜派军出城袭营，堵部明军折损一千余人，只得退回南康县城。
巴布泰和屯泰一经到达后就展开反击，先夺回南康县城，继而扫平赣州周围乡镇。南康县城是赣州背后的退路，南康城一丢，赣州就成了彻底的孤城了。
堵胤锡率军退回赣州城，人马带伤，士气低落。城内一时军心又动摇起来。原先因见堵胤锡来援而返回来的各地援军皆后悔不迭。此时后路已断，连逃跑都没处逃了。
过两日，清军开始攻城。八旗军巴布泰、屯泰攻东门，汉军金声桓、柯永盛攻西门。城内明军在杨廷麟、万元吉、堵胤锡的率领下坚决抵抗。战况激烈，双方兵马不下于三四万。然清军有了八旗军的来援，实力大增，赣州又成为了一座孤城，城内各地派来的守军互相不熟悉，各不接受指挥，互不统属。
堵胤锡感到非常焦急，召集众将商议军情。由堵胤锡建议成立赣州守备，由杨廷麟任总督，总领全局，万吉元和堵胤锡各任巡抚，掌管各路人马。各省来援的将领赵印选、胡一青，童以振、陈课，龚棻、黎遂球各授总兵，底下的将领各授参将、游击不等。
明军开始有了上下之分，各级将领皆要听命行事，违令者斩。杨廷麟、诸胤锡等又不避矢石，亲到一线指挥，与将士同甘共苦，颇得军心。
城内的守备一度稳固，清军又围攻了数日，急切间也攻不下。金声桓向巴布泰、屯泰等提议采取围而不攻，待城内弹尽粮绝之时再一鼓而下，这样可以不费一兵一卒，赣州唾手可得。
巴布泰、屯泰十分轻视汉军，对金声桓、柯永盛等汉将也十分不满，认为赣州久攻不下，是汉军兵将作战不力，推诿拖延的结果。不但向南京参奏金声桓和柯永盛，还当面斥责二人。金声桓唯唯诺诺，但是也心生不满，每日敷衍了事。
清军只管围困赣州，一时也无可奈何。
就在双方僵持之时，城中到处盛传一个惊人的消息，有内应欲开城门迎清军。杨廷麟、堵胤锡、万元吉大惊，急忙派人彻查。原来是城内一些贪生怕死之徒，见清军势大，便想暗中投靠以求自保。他们迅速将这些内应一网打尽，可此事却让明军人心惶惶。巴布泰、屯泰得知此事后，决定加大攻城力度，同时派人在城外散布内应之事，扰乱明军军心。金声桓虽依旧敷衍，但也不得不配合行动。赣州城再次陷入危机，明军伤亡渐多，粮草也日益减少。杨廷麟等人一面安抚军心，一面组织敢死队准备夜袭清军大营，试图打破困局。
城内三位督抚大人，杨廷麟、万元吉、堵胤锡一致商议决定，由滇军将领赵印选、胡一青率领两千滇军，趁着夜黑没有月亮的晚上，从城上缒下城来偷袭清军大营。然而明军的几次出城袭营都没有奏效，清军以骑兵冲杀的方式剿杀出城袭营的明军。滇军反而损失惨重。