望雨村在秦岭深处，百十户人家，村前有河，唤作“望雨河”。原本是山清水秀的好地方，老辈人说，村名取自“望天盼雨”之意，只因这地方自建村起，就雨旱分明——雨季时山洪暴发，旱季时赤地千里。村人依河而居，与旱涝为伴，倒也繁衍了十几代人。
这一年，大旱来得格外凶狠。自开春后，天上一滴雨未下，望雨河从滔滔大河变成一汪浅水，最后只剩下河床的龟裂。井水干了，庄稼死了，连山里的野兽都渴得发疯。村里的老祭司说，他活了八十岁，从未见过这样的旱灾。
村人开始逃荒，能走的都走了，只剩下三十几户老弱病残，还有村长李石头一家。李石头的爹临终前说，李家世世代代是村长，就是全村人都走光了，李家也要守着这村子。李石头今年四十二岁，妻子早逝，只留下一个十二岁的儿子叫水生。水生天生体弱，面黄肌瘦，却有一双异常明亮的眼睛。
旱到七月，村里已经开始死人。先是年迈的，后是体弱的。村里剩下的三十几口人聚在祠堂里，每日靠一点存粮和树皮草根维生。李石头每日带着还能走动的人去十几里外的深沟里找水，但每次带回的水越来越少。
这天夜里，李石头坐在祠堂门槛上，望着漆黑如墨的天空。水生依偎在他身边，小声问：“爹，天会下雨吗？”
李石头摸了摸儿子的头，嗓子沙哑：“会下的，老祭司说过，咱们望雨村每遇大难，必有天降甘霖。”
“可是祭司爷爷前天已经……”水生低下头。
李石头沉默了。老祭司三天前在祠堂里咽了气，死前只说了一句奇怪的话：“鱼从天降，福祸难料。”
就在这时，天空突然传来隆隆雷声。
李石头猛地站起，所有人都涌出祠堂。只见西北天空乌云翻滚，闪电如银蛇乱舞，雷声越来越近。村人欢呼起来，跪倒在地，对着天空磕头。
然而这雨来得古怪。先是狂风大作，风中带着浓重的鱼腥味；接着豆大的雨点砸下来，打在人脸上生疼。雨水落地后，人们才发现不对劲——这雨里夹着东西，活蹦乱跳的东西。
“鱼！是鱼！”有人尖叫起来。
李石头伸手接住一条从天而降的鱼，那鱼只有巴掌大，银鳞闪闪，在他手中挣扎。天空中，无数银光随着雨水倾泻而下，砸在屋顶上、地面上，噼啪作响。不一会儿，整个望雨村的地面铺满了活蹦乱跳的鱼。
这场“鱼雨”下了整整一个时辰。雨停后，乌云散去，露出满天星斗。村民们看着满地的鱼，先是愣住，随后狂喜——他们有救了！这些鱼足够吃上一个月，而积在坑洼处的雨水，也够饮用一段时日。
李石头却总觉得不安。他想起老祭司临终的话：“鱼从天降，福祸难料。”但眼前是实实在在的救命粮，他顾不得多想，组织村民收鱼、储水。
那夜的鱼救了全村人的命。接下来的日子，天仍然没有下雨，但靠着那些晒干的鱼和积存的雨水，村里剩下的三十几口人熬过了最艰难的时期。一个月后，旱情稍有缓解，下了两场小雨，望雨河恢复了涓涓细流，外出逃荒的人也陆续回来了一些。
然而怪事从鱼雨后第九个月开始发生。
第一个发现异样的是王寡妇。她丈夫儿子在逃荒途中死了，只带回来一个怀孕的儿媳。儿媳回乡后数月产下一子，原本是喜事，可孩子满月时，王寡妇给孩子洗澡，发现孩子后背长着细密的、银闪闪的鳞片。
“妖怪啊！”王寡妇当时就昏了过去。
消息很快传开。李石头赶去看时，那孩子正在木盆里扑腾，对水表现出异常的喜爱。更怪的是，孩子的眼睛在阳光下会眯成一条缝，仿佛畏光。
“只是胎记吧？”有人小声说。
但接下来三个月，村里又有七个婴儿出生，无一例外，身上都有鳞片，或大或小，位置不同；都喜水畏光。其中一个孩子不小心被放在阳光下久了，竟浑身起红疹，哭闹不止。
恐慌在望雨村蔓延。人们想起了那场怪异的鱼雨，想起了老祭司的预言。有人说这是天谴，有人说是妖怪作祟。李石头请来邻村的道士作法，毫无作用；又请来郎中查看，郎中说这些孩子除了长鳞和畏光，与常人无异，甚至更健康些。
“这是鱼雨带来的诅咒！”村里最年长的刘老太杵着拐杖说，“咱们吃了天降的鱼，得了天的恩惠，也要承受天的责罚！”
恐慌演变成排斥。有鳞片孩子的家庭被孤立，甚至有人要求把这些“怪胎”扔进山里。李石头坚决反对，他的儿子水生却在这时病倒了。
水生病得蹊跷，浑身发热，皮肤干燥脱屑，渴水如命，却喝多少水都不解渴。李石头带着儿子去县里看大夫，大夫也看不出所以然。回村的路上，经过一处水潭，一直昏迷的水生突然醒来，竟挣脱父亲的手，一头扎进水潭里。
李石头吓得魂飞魄散，跳下水去救儿子，却见水生在水中自如游动，仿佛一条鱼。更奇怪的是，水生身上的高热迅速退去，皮肤也变得润泽。他在水里待了半个时辰，才被父亲强行拖上岸。
“爹，我在水里能呼吸。”水生小声说。
李石头看着儿子，发现他脖颈两侧隐约有腮状的纹路。他猛然想起，鱼雨那夜以后，有一次水生高烧不退，他喂儿子喝了熬制的鱼汤。而那些吃过天降之鱼的村民，家中都生下了有鳞片的孩子。他和儿子也都吃了鱼，但妻子早逝，他未有新生子女，而水生当时已十二岁……
“爹，我不难受了，但太阳晒得我皮肤疼。”水生又说。
李石头恍然大悟：那场鱼雨改变的不只是新生儿，所有吃过那些鱼的人，身体都在悄然变化。只是成人变化不明显，而在母腹中的胎儿和青春期的孩子变化最显着。
回到村里，李石头召集村民，说出了自己的发现。一些成年人检查自身，果然发现身上有细微变化：有人手指间有蹼状膜，有人能在水中闭气很久，有人开始畏光。
“我们成了半人半鱼的怪物！”有人崩溃大哭。
“这是恩赐还是诅咒？”李石头望着惶恐的村民，心中翻腾。
就在这时，县衙来了差役，说是知县听闻望雨村有“妖童”出生，要派人调查。差役们见到有鳞片的孩子，吓得魂不附体，当即要带走孩子。村民奋力反抗，李石头以村长身份周旋，承诺查明真相，请县衙宽限时日。
差役走后，李石头知道，如果不解决这个问题，村里这些孩子甚至大人都可能被视为妖怪处死。他做出了一个决定：既然鱼雨来自西北方向的乌云，他就去西北方向的深山里寻找答案。
将村务托付给可靠的村民，李石头带着水生和一些干粮上路了。父子俩沿着西北方向，翻过三座山，进入一处人迹罕至的深谷。谷中有一深潭，潭水幽蓝，深不见底。李石头发现，越靠近这水潭，水生精神越好，自己也有种莫名的亲切感。
他们在潭边驻扎下来。当夜，李石头做了一个梦，梦中有一银须老者从潭中升起，自称是此潭的“水君”。老者说，那场鱼雨是他所为，因见人间大旱，生灵涂炭，不忍之下，施法将自己水族子民化作雨水降下，救人性命。
“但人鱼终究有别，我的子民精魄入人体，与人之血脉相融，故生下具鱼性之人。”老者叹息，“此非诅咒，实为造化弄人。若要解此相融之症，唯有找到‘分水珠’，将人鱼血脉分离。”
李石头忙问分水珠在何处。老者指向潭底：“珠在我府中，但取珠需付出代价。珠分阴阳，阳珠可使人恢复完全人身，但畏水；阴珠可使人化为完全水族，但畏光。你村之人需自行选择。”
梦醒后，李石头将梦境告诉水生。父子俩商议许久，决定下潭一探。令人惊讶的是，他们竟能在水中自由呼吸游动，仿佛本就是水族。潭底果然有宫殿遗迹，他们在正殿找到一玉匣，内有两颗珠子，一金一银。
带着珠子返回望雨村，李石头召集村民，说明了情况。选择摆在每个人面前：做完全的人，还是做完全的水族？抑或保持现状，做半人半鱼的存在？
村民们争论不休。年轻人多愿保持现状，他们已适应了身体的变化，有些人甚至发现自己能在水下捕鱼，速度惊人；老人们多愿做完全的人，他们渴望回到从前的生活；而那些有鳞片孩子的父母则陷入两难。
就在这时，县衙派来了更多差役，还有一名驱魔道士。道士一见村里情况，就大呼“妖孽”，要做法除妖。道士布下法坛，洒狗血，贴符咒，一些体质特殊的人当场痛苦倒地。
李石头知道不能再犹豫了。他站上高处，对村民喊道：“我们不是妖孽！我们是得了水族恩惠的普通人！现在，愿意彻底变回人的，站到我左边；愿意成为水族的，站到我右边；愿意保持现状的，站在原地！”
人群骚动起来。最终，约三分之一的人选择变回完全的人，包括大部分老人和几个年轻夫妇；约五分之一的人选择成为水族，多是单身青年和几个身体变化特别明显的；剩下的人选择保持现状，其中就有李石头和水生。
李石头先让选择变回人身的人服下金色阳珠粉末。神奇的是，这些人身上的鳞片消退，畏水症状出现，甚至有人见水就晕。接着，他让选择成为水族的人服下银色阴珠粉末。这些人身上的鳞片更加明显，手指间长出完整的蹼，能在水中呼吸，但对光的耐受度极低，只能生活在阴暗处或夜间活动。
选择保持现状的人，李石头没有让他们服药。但道士不依不饶，称这些“半妖”也必须净化。就在冲突一触即发时，天空再次乌云密布，雷声隆隆。
“鱼雨！又要下鱼雨了！”有人惊呼。
但这次落下的不是鱼，而是倾盆大雨，正常的、救命的雨水。大雨中，那驱魔道士的法坛被冲垮，符咒化为纸浆。更奇的是，雨水中传来苍老的声音：“此地之人，受我恩泽，亦承我血脉，非妖非怪，乃造化之奇。若再相逼，必遭天谴！”
道士和差役吓得屁滚尿流，仓皇逃走。
雨停后，望雨村恢复了平静。那些选择成为完全水族的人，搬到了深潭附近，建立了水下村落；选择成为完全人身的人，继续在望雨村生活；而选择保持现状的半人半鱼者，则生活在村与潭之间，他们既能在陆上劳作，也能在水中谋生，成了沟通两族的桥梁。
李石头仍然担任村长，水生则成了水陆两族的使者。望雨村从此有了新的名字：雨鱼村。村里建起了“鱼雨祠”，供奉那位不知名的水君。而那些半人半鱼的孩子长大后，许多人成为了出色的渔夫、船工，也有人远走他乡，寻找同类。
多年后，水生有了自己的孩子，孩子身上有淡淡的银色鳞纹，在阳光下闪着微光。水生抱着孩子，对父亲说：“爹，你说我们到底是人还是鱼？”
李石头望着波光粼粼的望雨河，缓缓说道：“我们是得了鱼恩的人，也是怀着人心的鱼。这世间万物，本就没有纯粹之分，交融共生，才是天道。”
又过了许多年，雨鱼村的传说流传开来，附近常有自称长鳞片、善水性的人前来寻根。村里人从不把他们当怪物，只是端上一碗鱼汤，讲起那个大旱之年，天降鱼雨的夜晚。
而每当大旱之时，雨鱼村人总会望向西北天空，不是盼雨，而是怀念那场改变他们命运的鱼雨，和那个关于选择、接纳与共生的古老故事。