故里争议
关于大禹故里有三说，分别为大禹出自中原、出自东夷、出自西戎[41] 。
来源争议
与禹王同时代的出土文物及商朝甲骨文中尚未发现关于禹王的记载。所能找到的最早提到禹王的文物是约一千年以后西周的遂公盨，此外还有齐侯钟、秦公簋[42] 。
顾颉刚《与钱玄同先生论古史书》一文对禹的问题进行了最初的阐述，证明禹的历史传说是层累造成的，禹是神话而不是历史人物。西周中叶宋人所作的《商颂·长发》说明禹在当时商族的观念中是上帝派来的开辟之神；春秋初年《鲁颂·閟宫》载后稷“缵禹之绪”，对比《大雅·生民》只见后稷之事不见禹，说明追溯周族的观念，禹从无变成了最古的人王。另外，《诗经》中禹与夏桀漠不相关，故禹和夏没有关系。[44] 禹与夏的关系西周至春秋时期的《诗》《书》、《论语》上都没有明确说明，到了战国中期，《左传》《墨子》《孟子》等书中才有了“夏禹”的记载。[1] 童书业、杨宽等均宗其说，并对顾氏之说加以进一步申论，疑古派学者关于“禹是神不是人”的看法有以下5条基本结论：1.鲧、禹颇有从天神变成伟人的可能；2.禹的神职是主领名山川的社神；3.鲧、禹治水传说的本相是填塞洪水，布放土地，造成山川，后来因战国时势的激荡，变成了筑堤、疏导和随山刊木等等；4.鲧、禹传说的来源地是西方九州之戎的区域；5.鲧、禹本都是独立的人物，因墨家的尚贤说和禅让说的媒介，才与尧、舜等人发生关系。80年代以后，由于地下文献的出土，学术界对于禹的研究出现了新的局面。裘锡圭根据遂公盨铭文并结合文献资料时说，古史辨派的意见有得有失，但“在较早的传说中，禹确是受天，即上帝之命来平治下界的水土的。[45]
开凿龙门争议
关于伊阙龙门是否是禹开凿的说法在宋代已发出了疑问。如司马光在《温国文正公文集》的《凿龙门辨》中说：“或问禹凿龙门，辟伊阙，有诸?迂雯日：‘龙门伊阙天所为也，禹治之耳。非山横其前，北雍不流，禹始凿而辟之，然后通也。”这就是说，龙门伊阙乃天然形成，并非山横其前，堵壅了北流的洪水，只是由于水流不畅，大禹始凿而辟之，然后河水才得畅通。这一说法似乎有些道理。试想距今约4000年前，人们使用的主要是石制工具，偌大一座坚硬的石山怎能辟开?即使用现代的设备去凿，又谈何容易。
现代的地质学解释，龙门山约形成于距今20万年前的更新世晚期到全新世早期，其山体由中晚寒武纪的白云岩和石灰岩所构成，内中喀斯特溶洞极多。这些纵横交错的溶洞长久被流水冲刷，发生剧烈变化，遂形成一道峡谷，将山体切割开来。伊河之水虽绵流受阻，但尚能通过，又经禹率众开凿。方为今伊阙龙门之势。这种解释既没有否定禹的功绩，又合乎自然发展的逻辑和规律，因而被世人所接受。[34]