杨镐猜到自己多半会被罢免，但也不想就这么‘束手就擒’。
而且他清楚丁应泰的构陷之说大都来自陈寅帐下的周陛，只要查到他与丁应泰之间暗通款曲，就不难证明丁的弹劾全是一派胡言。
于是他很快下令逮捕了周陛，并搜出了丁应泰通书萧应宫曲护沈惟敬的书信，以及丁于周陛潜通的密书。
只是杨镐也未曾料到，他的举动竟激怒了部分抱团的南兵，而差点引发兵变。由于长期的南北对立，杨镐本身也处事不公，过于偏袒北军，是以，陈寅都没亲自出手，原与周陛相善的南兵周冕纠集了一些浙兵将经理衙门围困起来。
杨镐则派了彭友德、许国威等擐甲勒兵以待，一时间，经理衙门前竟是剑戟森罗，其余标兵则仓惶奔走。
后还是多方劝解，杨镐才放了周陛，这事才算平息下来，只是潜通密书等书信并没还给周陛，杨镐自己留下了。
周陛事后多少有些后怕，他知道丁应泰与他是脱不了干系，那些信要是被杨镐顺藤摸瓜，再查出些什么，恐怕不单自己，连带陈寅也会受其牵连。
在庆州，丁应泰每夜邀陈寅入衙门议事，而陈寅交代他做的每件事，其实都是丁应泰所交代。
当然他也知道陈寅结交丁应泰，无非就是为升官发财，但谁不想呢？他也想。丁应泰是许过陈寅和他‘中路总兵’并‘进关许可擢用’，但升官总要有军功，蔚山首功他是计不了，陈寅总可以吧？李如梅那小子就是运气好，白捡一个功劳不说，那杨镐还非要记他为首功，连麻贵标下的人都要退避三舍，凭什么？就凭他杨镐与辽东李家关系亲厚？
周陛一想起这些，一想起杨镐对他的惩戒内心就愤恨不已，都是战场上卖命的，凭什么关系好就要偏袒？既要偏袒那就怪不得他在丁应泰面前说尽他杨镐的‘坏话’，谁叫他处事如此不公？李如梅也肯定要拉下马。
虽然周陛觉得有足够理由这么做，但又想到那些书信，内心始终惴惴不安，惟一盼望杨镐快点下台。
杨镐在南军中口碑不好，但在朝鲜君臣心里，杨经理可是亲爱的思密达。除了他自己上自辨疏外，刑玠及监军陈效均上疏替他说话。除此，还有吴惟忠、茅国器、许国威、李芳春等东征大将亦纷纷上疏，请留杨镐。
许国威亲自写信给朝鲜君臣，并希望他们急遣重臣一次上本，再次上本，不须辨明杨都爷被诬之事，但说他是一心担当，锐意杀贼，无论罪之虚实，着令仍任管事，观其杀贼与否，再查功罪，亦未晚矣。
朝鲜君臣本也有意替杨镐辩解，当初李德馨找杨镐谈话其意就欲为他辩解。后来国王李昖与柳成龙、李德馨、李元翼等十一名官员还专门为此商议过，最终决定派人前往北京递交奏辨疏。
七月初一，朝鲜辩解使臣陈奏官崔天健、书状官庆暹便出发前往北京为杨镐辩解。并希望天朝皇帝万历继续留任杨镐，并奏请不要撤兵、撤饷。
三天后，圣旨到，曰：“东征独遣经理，经理、监军等官，责任甚重。转调兵饷，月无虚日，冀收全胜，以安外藩。乃轻率寡谋，致于丧师，又朦胧欺罔，奏报不实，法纪何在？杨镐革任回籍。且将士被坚执锐，临敌对垒，不避寒暑，倏尔死生奏报不实，俱候勘明处分。”
随后，朝鲜官员即上奏李昖：“经理被参，事机将败，国家存亡，迫在朝夕啊！”此番语气已比之前急迫许多。
“大人所言极是，那依你之言又该如何？”其实李昖听到圣旨那刻，内心早就拔凉拔凉。
“大王，自然应该差遣大臣，急急申理请留，不可一刻少缓。崔天健之行虽已发去，非但使臣秩卑，事体不重，一介行李，尚未伸请便大事去矣。如今我国需再次更遣大臣，陆续恳乞，庶可取信天朝，翻转事机，而与我国请留之道，亦为无憾！”
此刻李昖也知道，若不派人再向明国申理，恐再无还转余地。于是他立马吩咐：“快，传李元翼来……”
七月十一，一切尘埃落定，杨镐也准备启程回国。
自接到圣旨那刻，他已脱下一身官府，自觉换上了布衣、布巾。李德馨见他形容枯槁，一身孝子打扮，心中亦是难过。来时起复，将官威仪，去时回籍，孝子衰麻——呜呼哀哉！
国王李昖知道杨镐今日启程，亲自来到弘济院为他饯行。
“杨经理思密达，小邦唯大人是仰，大人不意旋归，小邦何所依赖？今日无以为怀，不知所言……”
还未说完，李昖竟难过的不能自已，呜咽起来，一时涕泪横流，左右侍臣见之，莫不掩面哭泣。而杨镐标下，同样相顾泪眼。
杨镐深受感动，还是劝勉了一番才辞去，坐上轿子沿王京的大路一路向北。
坊市的父老乡亲早就候在路旁，见他的轿子到跟前，俱哭喊着：“杨经理思密达……杨经理思密达……”
杨镐见之眼里亦是含泪，脸上有不忍之色，他从未想过自己会如此得朝鲜百姓厚爱：“在下如今已是一介布衣，莫要再以经理相称了。”
“不，大人，您永远是我们心里的杨经理思密达！”就算再铁石心肠此刻也会忍不住洒落泪水。
即使行到了开城，仍有百姓诉于杨镐轿前请留，他亦是面带不忍，含泪劝慰其离去。
杨镐离开之后，七月下旬，国王李昖再次派出左议政李元翼前往北京，并附上早已拟好的《陈情疏》，为杨镐，亦是为自己辩解。
“自抚臣杨镐革任回还之后，群情懈溃，莫可收拾。远近传播，自相疑惑。或云和议将讲？或云兵粮当减？久役思归之土，胥动浮言。握兵对垒之将，皆无固志！小邦之人举皆惊慌，若无所依。扶携老稚，填咽辕门。攀驻牙旌，啼号不止。至于深山穷谷无知蠢动之民皆云经理一去，贼必随至，遑遑靡定，无复生意。行道悲嗟，景象愁惨。人情若此，同出至诚。夫岂有私于杨镐而然哉！”
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又是一年秋天到，天气渐渐由暖转凉，启祥殿里地暖又早早的烧了起来。
朱翊钧已经收到了崔天健等人所呈的辩疏，并且给了批复：“杨镐等损师辱国，扶同欺敝。特差科臣查勘，是非自明，不必代辩。”
其实丁应泰的弹劾看似言之凿凿，但在未查明之前，朱翊钧突然就罢免杨镐，一并令次辅张位闲住，着实令人困惑不已。而且再次选派的勘察官员又是与丁应泰持相同意见的科臣，丁应泰也随之再次入朝行勘，能否保证行勘的公正公平都存疑问。
陈矩起先以为是杨镐牵连了张阁老，而陛下不过小惩大戒罢了，但弹劾之事越发酵，他就越觉得事情并没有想的那么简单，反而杨镐很可能是受了张阁老的牵连。
一切皆是因为一本妖书的出现。
世上何来妖书！所谓妖书，不过缘起自一本名为《闺范图说》的书，还是由他陈矩带进宫的。当初只是觉得这本《闺范图说》不错，一看作者还是吕坤，他就买了下来。后来陛下看了也觉得不错，就赐给了皇贵妃，而皇贵妃又突发奇想，添了些私料而后再重新刊刻了一本新的。
新版的《闺范图说》他手里都有一份，也无非是贵妃想给自己脸上贴贴金，连陛下都没说什么，自然也轮不到别人说三道四。
“轮不到，但不代表有人就不会说三道四啊……”陈矩想起了刑部大牢里的戴士衡，不禁又摇了摇头。
六月的时候，直隶巡按赵之翰曾上疏言及此事：偶然阅邸报见郑承恩奏进忧危竑议一书，内参戴士衡结交权奸，假造伪书中伤善类以贻。祖宗隐忧，赖圣上日月之明、雷霆之威，应将戴士衡发烟瘴之地永戍。第谋不止于一人，书不出于一手，主计者乃张位，奉行者戴士衡，与谋者徐作、刘楚先、刘应秋、杨庭兰、万建昆。此五人乃阁老张位之心腹爪牙，岂有此番举动不群聚佥谋？合手成书者今只一戴士衡，而类士衡者独宽之处？其为从，而为首者反纵之？
朱翊钧将此疏下发部院商议，最终呈上的结果是：刘楚先、刘应秋照旧供职，徐作回籍听用，而杨庭兰、万建昆降调。
显然这样的结果朱翊钧并不满意，随后降旨着刘楚先、徐作罢职回籍闲住，刘应秋调外，杨庭兰、万建昆俱降边方杂职。
不久，部院又上疏皇帝，谈及张位、科臣戴士衡、杨庭兰俱已奉旨处分，今又欲波及诸臣，恐非圣上洞悉之初念，还请圣上宽宥以存国本。
很快，朱翊钧就批复道：朕屡有旨洞悉伪书，惑世诬人，摇危国本，乃原任大学士，今冠带闲住张位倡言为首……张位昨又被论受贿美珠，致偾东事。朕念侍讲辅政，积有年劳，故存国体，姑准回籍冠带闲住。汝等既这等说，张位着革去冠带，为民当差，遇赦不宥，若朦胧推荐，科道即指名劾奏，原奏官一并重治……
张位再无入仕之望，这等处罚不可谓不重，对一个内阁辅臣来说。