登莱军、锦衣卫和东厂三方联合办案，调查这次兵变，整个南京城大多数官员瑟瑟发抖，不知道等待他们的会是什么。
登莱军负责此次调查的是王小二，锦衣卫负责人是都指挥使李若琏，东厂现在由御马监掌印高时明暂时代理。
这两个人都是周山向朱由检推荐的。
在大明灭亡的时候，李若琏带着全家自杀殉国，御马监掌印高时明找了一口棺材，下面堆满柴火，自己躺在棺材里面，让身边的小太监点火，自己把自己活活烧死。
根据周山的指令，首先调查的就是掌管锦衣卫多年的都指挥使骆养性，他现在升为左都督，但仍然掌锦衣卫事。
这个骆养性担任锦衣卫指挥使多年，身为皇帝鹰犬，却想当一个好好先生。
大明灭亡后，先是投降李自成，交了数万两白银后逃过一劫。
建奴入关，又立即投降建奴，还被委以重任，当上了封疆大吏总督一职，还为建奴推荐了很多人。
这种三姓家奴的大汉奸，就算没有参与这次兵变，周山也不会饶了他。
果然，经过调查，这次兵变骆养性不但参与其中，还是一个重要骨干。
其实，这么大的兵变行动，没有锦衣卫重要人物的参与，根本不可能瞒得住朱由检。
登莱军不善于查案，主要是起监督的作用，锦衣卫和东厂审案是专业的。
在他们的日夜轮番审讯下，很快查清了所有事情，上千个官员牵涉其中，全都被抄家，流放到辽东、湖广和河南的各个农场。
三十多个主要参与者被满门抄斩，七百多人被斩首。
菜市口人头滚滚，血流成河，整个皇城为之一空。
不过，这些事情跟普通老百姓没有多大关系。
抄了这么多官员的家，除了银子之外还有大量的粮食，这么多粮食进入市场，粮价顿时下降不少。
一个月之后，京城的大清洗工作基本结束，朝堂基本上空了大半。
不过，现在的朝堂本来也只能管南直隶一半、湖广一半、浙江、江西、贵州和云南这几个省份。
长江以北都在登莱军手中，福建基本在郑芝龙手中，广东和广西在张献忠手中。
就这五六个省的政务，又免除了所有赋税，基本上也没有多少政务要处理，有军机处足够了。
现在京城基本稳定了，新补充了一批武器弹药，周山决定，留二十艘战船在长江口附近海域巡航，率领水师八十艘大中型战船，一路南下，彻底剿灭郑芝龙的水师。
登莱水师船队浩浩荡荡，从长江口南下，首先将周山群岛上盘踞多年的海盗倭寇全部剿灭，然后一路南下，剿灭浙江沿海所有倭寇和海盗。
郑芝龙当然知道这次闯下大祸，他的六百艘水师战船在长江上被周山的登莱水师全部剿灭，但他仍然还拥有庞大的实力。
福建泉州是郑芝龙的老家，他将遍布南洋的大部分战船和将士召回来，召集所有主要将领开会商议对策。
南京兵变的时候，长子郑森坚决反对，被郑芝龙关了禁闭，这次也被允许参加会议。
郑芝龙坐在虎皮大椅上，扫视一圈有些垂头丧气的众位将领，说道：
“诸位，虽然这次我们在长江上惨败，参与的水师全军覆没，数万将士死于非命。”
“但我们仍然有两千多艘船，十几万将士，整个南洋仍然是我们的地盘。”
“过去的事情已经过去，多说无益。”
“现在，周山亲自率领八十艘战船南下，一路消灭了长期盘踞在浙江沿海的倭寇和海盗，正向我们福建开来。”
“接下来，我们应该怎么办？大家都说一说。”
郑森首先站起来，大声说：
“父亲，周山的实力早已今非昔比，他的武器太过先进，炮火太过猛烈，长江上我军全军覆没，已经证明了这一点。”
“我们就算把所有战船和将士都调回来，也不是周山的对手。”
“为今之计，只能跟周山和谈。我跟周山有些交情，我愿意北上，跟周山和谈。”
郑芝龙怒道：
“和谈和谈？你懂什么？战场上得不到的东西，谈判桌上也同样得不到。”
“你给我坐下，听其他叔伯说，你好好听着就行。”
郑森无奈，只得气呼呼地坐下。
郑芝龙二弟郑芝虎说：
“大哥，上次是兄弟们大意了，没有想到周山的武器这么厉害。”
“而且，在长江上，航道太窄，我们根本没有回旋的余地，无法有效发挥我们水师的战力和机动优势。”
“周山的武器就算再先进，他只有八十艘战船，这次我们集中所有战船，诱敌深入，突然包围，一定能够消灭他们。”
水师将领施琅说道：
“大哥，泉州湾地形太过简单，无法做到出其不意。”
“周山的水师虽然战船数量少，但火炮威力太强，我们万万不能掉以轻心。”
“漳州附近海域岛屿众多，地形复杂，还可以在厦门和金门岛布置重兵和炮台。”
“我认为，我们应该放弃泉州，在漳州海域布防，将登莱水师消灭在漳州海域。”
施琅跟随叔父施福很早就参加了郑芝龙的水师，战功赫赫，这一次南京兵变，叔父施福战死在长江，他没有参加南京兵变，所以逃过一劫。
说起来这个施琅也是个人物，大明灭亡后，施琅跟随郑芝龙投降建奴，受到建奴冷遇之后，又逃了回来，加入郑成功的军队，跟建奴作战。
后来跟郑成功发生矛盾，杀了郑成功的人，郑成功于是派兵包围了施琅宅邸，将他的家人全部杀了。
于是施琅再次投降建奴，从此一门心思为建奴卖命，只为一个目的，就是杀了郑成功，为家人报仇。
后来，他终于如愿以偿，率军攻占了郑成功儿子占领的大湾岛。
不过，这家伙虽然收复了大湾岛，却严禁大湾岛与内地交流，强占了大湾岛一多半已开垦的土地。
郑芝龙三弟郑芝豹一听要放弃泉州，当即反对。
“不行，很多将领和士兵的家都在泉州，如果我们放弃泉州，必然人心浮动，军心不稳，不战自溃。”
其实，从单纯打仗的角度说，施琅的战术是最正确的。
但郑芝龙手下的太多将领是泉州人，在泉州不但有他们的家，还有大量产业，无论如何也是不能放弃的。
最后，郑芝龙决定，所有水师在泉州湾海域，与登莱水师决战。
同时，为了以防万一，派儿子郑森率一部分船队去到吕宋，万一战败，还可以在南洋东山再起。