三个月后，陆沉团队回到了总部，受到了全球反恐联盟的最高表彰。戴维·金在监狱中自杀身亡，留下了一封遗书，承认了自己所有的罪行，并对被“盘古”伤害的人表示忏悔。“盘古”的所有据点都被捣毁，相关的技术资料被封存，反物质炸弹也被安全销毁。
表彰大会结束后，陆沉站在总部的天台上，看着下方的城市。苏晴走到他身边，递过一杯咖啡：“在想什么？”陆沉喝了一口咖啡：“在想戴维斯的话，他说‘盘古’的理念会永远存在。你说，我们真的赢了吗？”苏晴笑了笑：“我们赢了战斗，但没有赢过人性。只要还有人追求极端的力量，就会有新的‘盘古’出现。但我们也不会停下，会一直守护着这个世界。”
陈默和埃琳娜也走上天台，陈默拿着一份新的任务资料：“总部接到了新的任务，青岛附近的海域出现了不明潜水艇，疑似‘盘古’的残余势力在进行秘密活动。”埃琳娜看着资料上的照片：“潜水艇的型号是‘盘古’之前使用过的，他们可能在海底建立了新的据点。”
第二天，陆沉团队乘坐军用运输机抵达青岛。当地的海军基地已经做好了准备，一艘护卫舰正在码头等候。海军司令赵将军接待了他们：“我们的声呐探测到潜水艇在黄海海域活动，潜水艇的下潜深度超过了一万米，我们的常规潜艇无法追踪。”苏晴调出声呐数据：“这是‘盘古’的‘深海一号’潜水艇，之前在南极被我们摧毁过一艘，没想到他们还有备份。”
乘坐护卫舰抵达黄海海域后，苏晴用先进的声呐系统对潜水艇进行定位：“找到了！它在海底的一座火山口附近，那里有一个天然的洞穴，应该是他们的据点。”陆沉看着声呐屏幕：“洞穴里有强烈的能量反应，他们可能在进行新的实验。陈默，准备潜水装备；埃琳娜，准备水下武器；我们潜入洞穴，一探究竟。”
穿上特制的潜水服，陆沉团队潜入海底。海水越来越深，光线越来越暗，只有潜水服上的探照灯发出微弱的光芒。走到火山口附近时，果然看到了一个巨大的洞穴，洞穴的入口处有金属大门，门上刻着“盘古”的图腾。“就是这里！”苏晴用微型电脑破解大门的密码，“大门马上就要打开了，大家做好战斗准备。”
大门缓缓打开，里面是一个巨大的地下空间。空间中央矗立着一座实验装置，数十名穿着白色防护服的研究员正在忙碌着。“他们在研究深海生物基因！”苏晴惊讶地说道，“这些研究员都是之前失踪的海洋生物学家，被‘盘古’绑架到这里了。”陆沉举枪对准研究员：“不许动！你们已经被包围了！”
研究员们陷入混乱，有的试图逃跑，有的则举起双手投降。一个穿白色长袍的人从实验装置后走出来，正是之前在敦煌逃脱的“偃师”：“陆沉，你还是来了。但这次，你们赢不了我。”他按下手中的遥控器，实验装置突然发出强光，“我已经将深海生物的基因与人类基因结合，创造出了新的物种，它们会成为‘盘古’新的战士！”
实验装置的玻璃舱打开，一群半人半鱼的生物冲了出来，它们的身体覆盖着鳞片，手中拿着锋利的爪子，眼神中充满了攻击性。“是基因改造人！”埃琳娜立刻甩出麻醉针，射中冲在最前面的生物。陆沉和陈默举枪射击，子弹打在生物的鳞片上，发出刺耳的响声。
“这些生物的鳞片很坚硬，攻击它们的眼睛！”苏晴大喊着，同时操作电脑破解实验装置的程序，“我可以关闭基因改造的控制系统，让它们恢复神智！”陆沉和埃琳娜、陈默互相掩护，将生物引到实验装置附近。“控制系统关闭成功！”苏晴大喊着，实验装置发出柔和的光芒，基因改造人逐渐恢复神智，倒在地上。
“偃师”见计划败露，想要按下实验装置的自毁按钮。陆沉立刻扑过去，将他按在地上：“你的计划结束了！”“偃师”冷笑一声：“‘盘古’的火种已经撒下，就算我死了，也会有人继承我的事业！”他突然咬住舌头，嘴角流出鲜血。陆沉立刻捏住他的下巴，却已经晚了，“偃师”的身体抽搐了几下，便没了气息。
清理完洞穴后，陆沉团队带着获救的研究员回到了护卫舰上。赵将军看着被押解的研究员：“这些人都是顶尖的科学家，‘盘古’就是利用他们的知识进行邪恶的实验。”陆沉看着窗外的大海：“只要还有人被欲望驱使，就会有新的邪恶出现。但我们会一直战斗下去，守护着这个世界的和平与安宁。”
回到总部后，陆沉团队又投入到了新的训练中。他们知道，这场守护和平的战斗永远不会结束，新的危机随时可能出现。但他们已经做好了准备，无论未来有多少挑战，他们都会并肩作战，直到暗影彻底消散，阳光洒满每一个角落。而在遥远的宇宙深处，一个神秘的信号正朝着地球飞来，一场新的危机正在悄然酝酿……