裁汰冗员的拉锯战尚在泥泞中艰难前行，一场源自帝国最森严壁垒——礼制领域的风暴，已伴随着天启二十九年秋祭的临近，骤然降临。这一次，旧势力的反扑选择了最为冠冕堂皇，也最为尖锐的武器：祖宗礼法。
事情起因于议会教育委员会一份看似不起眼的“建议书”。该建议书提出，在即将到来的秋祭大典中，可否允许格物院选派少量代表，以“观察员”身份参与某些非核心仪式环节，以期“了解传统，沟通古今”。其本意是缓和格物院与守旧势力日益紧张的关系，寻求某种形式上的共存。
然而，这份充满妥协意味的建议书，却被太常寺（掌管礼乐祭祀的衙门）和礼部的守旧官员视为奇耻大辱和赤裸裸的挑衅。
太常寺少卿，一位须发皆白、以精通礼制着称的老臣，在朝会上手持玉笏，浑身颤抖，声音悲怆欲绝：“陛下！祭祀天地祖宗，乃国家头等大事，至诚至敬，洁净精微！岂容那等终日与铁石油污为伍、不信鬼神、不敬先贤的格物学士玷污祭坛？！此非沟通古今，实乃褒渎神灵，败坏纲常！若开此例，臣恐上天降灾，祖宗震怒啊！”
他的哭诉，立刻引来了潮水般的附和。礼部尚书率属下官员集体出列，跪伏于地，言辞恳切乃至激烈：“陛下！礼者，天地之序，人伦之纲！格物院种种作为，已渐离圣贤之道，今若再容其踏入祭祀禁地，则礼崩乐坏不远矣！臣等泣血恳请陛下，维护礼法尊严，驳回此荒谬之议！”
他们的攻击，并未停留在口头。次日，一份由南京国子监数百名监生联名签署的《护礼疏》便递到了通政司。紧接着，各地书院、官学的生员也闻风而动，抗议文书雪片般飞向南京。言辞之间，已将格物院视作败坏华夏衣冠、毁灭传统文明的洪水猛兽。甚至有人喊出了“逐格物，正人心，保华夏”的极端口号。
这股风潮迅速与之前反对科举改革、反对新式报刊的士林力量合流，形成了空前强大的舆论压力。就连一些原本对议会其他改革持中立或观望态度的传统士大夫，在此事上也表现出了异常坚决的反对立场。礼法，是他们精神世界的最后堡垒，不容任何异质力量踏足。
议会内部，原本支持格物院的议员们，此刻也感到了极大的压力。面对“褒渎神灵”、“败坏礼法”这等沉重的道德指控，许多人选择了沉默。就连顾炎成等人，一时也难以找到合适的理由来为“格物学士观礼”进行有力的辩护。
王贞仪和格物院面临着前所未有的孤立。她试图解释，格物之学并非否定传统，而是探寻自然之理，与敬天法祖并不矛盾。但在狂热的“护礼”声浪中，她的声音显得如此微弱。
李守俊冷眼旁观着这一切，嘴角泛起一丝不易察觉的冷笑。他深知，攻击格物院的具体政策可能失败，但攻击其“违背礼法”、“亵渎传统”，则能轻易调动起最广泛、最根深蒂固的保守力量，站在道德的制高点上对其进行碾压。
皇帝朱由校再次被推到了风口浪尖。他本人对繁琐的祭祀礼仪并无太多好感，但也绝不敢承担“败坏礼法”的骂名。更重要的是，他敏锐地意识到，这是压制议会和格物院气焰、巩固皇权（皇权与传统礼法密不可分）的绝佳机会。
在巨大的压力下，皇帝最终下旨，严厉申饬了议会教育委员会“妄议祭祀，有亏臣礼”，并明确宣布：“祭祀大典，乃国之重典，必恪守祖制，不容丝毫更易。格物院人等，不得参与！”
旨意一下，守旧派们弹冠相庆，仿佛打了一场大胜仗。而议会和格物院则笼罩在一片挫败的阴霾之中。
然而，林川却从这次失败中，看到了更深层的问题。他在与王贞仪、顾炎成等人商议时，沉声道：“此次非一策之失，乃是我等未能占据‘义理’制高点。他们握有‘礼法’解释权，便能轻易将我等置于不义之地。若不能在此根本问题上有所突破，则日后举步维艰。”
他提出，不能仅仅被动防守，必须主动出击，争夺对“礼”与“法”、“传统”与“革新”的解释权。他授意顾炎成等人，组织力量，从经典中寻找支持变革的依据，撰写文章，系统地阐述“礼随世变”、“器变道不变”、“格物穷理亦是敬天”等观点，与守旧派展开一场旷日持久的“经义之争”。
同时，他建议王贞仪，格物院可以尝试组织一些公开的、与百姓生活相关的科普活动，例如讲解天文历法（与祭祀相关）、改良农具（与社稷相关），以更温和、更务实的方式，向民众展示格物之学的价值，逐渐瓦解那种将格物与“亵渎”简单挂钩的偏见。
秋祭的风波暂时平息了，格物院被明确排斥在核心礼仪之外。但这场“礼法之困”所暴露出的意识形态领域的深刻裂痕，却比任何政策分歧都更为致命。新制度的推行，不仅需要权力和利益的博弈，更需要思想与观念的破冰。这是一场更为漫长、也更为艰难的战争。新制度的生命力，能否最终穿透这层厚重的礼法坚冰，仍需在未来的岁月里，用事实与智慧去慢慢消融。