时间范围：汉章帝元和二年至和帝永元三年纪事（公元85年—91年）
元和二年（乙酉，公元85年）
春季，正月乙酉日，皇帝（汉章帝）下诏说：“法令规定：‘百姓生育孩子的，免除三年的算赋（人头税）。’现在对所有怀孕的妇女，赐予每人三斛谷物作为胎养费，并免除其丈夫一年的算赋。将此定为法令！”又下诏给三公（太尉、司徒、司空）说：“那些官吏矫揉造作、装点门面，似是而非，朕非常厌恶，非常痛心！那些踏实安静的官吏，诚恳朴实没有浮华，每天的成绩看似不足，但累积一个月的成效就很可观。像襄城县令刘方，官吏百姓异口同声说他为政不烦扰百姓，虽然没有其他突出的事迹，这大概也接近理想的标准了！把苛刻当作明察，把刻薄当作精明，把轻判当作恩德，把重罚当作威严，这四种作风一旦兴起，百姓就会有怨恨之心。朕多次下达诏书，使者冠盖相望于道路，但官吏治理并未改善，百姓仍有流离失所，这过失在哪里呢？你们要努力思考过去的法令，以符合朕的心意！”
北匈奴贵族车利涿兵等人逃亡进入汉朝边塞，前后共有七十三批。当时北匈奴衰弱损耗，部众离心叛离，南匈奴进攻其前，丁零部落侵扰其后，鲜卑攻击其左翼，西域各国侵犯其右翼，北匈奴无法自立，于是向远方撤退离去。
南匈奴单于长去世，单于汗的儿子宣即位，称为伊屠於闾鞮单于。
《太初历》施行一百多年后，历法推算已稍稍落后于实际天象。章帝命令研究历法的编、李梵等人综合考察其状况，制定《四分历》；二月甲寅日，开始施行《四分历》。章帝还是太子时，曾向东郡太守、汝南人张酺学习《尚书》。丙辰日，章帝东巡，到达东郡，召见张酺及其学生以及郡县的属官，一同在郡衙庭中聚会。章帝先以弟子之礼，请张酺讲解《尚书》一篇，然后才行君臣之礼；对张酺的赏赐特别优厚，所有人都受到恩泽。章帝一行经过任城，亲临隐士郑均的家，赐予他终身享受尚书的俸禄，当时人称他为“白衣尚书”。
乙丑日，章帝在定陶亲自耕种。辛未日，到达泰山，在岱宗（泰山）举行柴祭（烧柴祭天）；随后前往奉高县。壬申日，在汶水之滨的明堂祭祀五帝（青帝、赤帝、黄帝、白帝、黑帝）；丙子日，大赦天下。戊寅日，前往济南国。三月己丑日，到达鲁国（今曲阜），庚寅日，在孔子故里阙里祭祀孔子及其七十二位弟子，演奏黄帝、尧、舜、禹、汤、周武王六代的音乐，并召集孔氏家族男子二十岁以上的六十二人举行大会。章帝对孔子的后代孔僖说：“今天的盛会，对您的宗族来说应该很光荣吧？”孔僖回答说：“臣听说圣明的君王，无不尊师重道。如今陛下亲自屈尊帝王之驾，光临我们这卑微的乡里，这是尊崇礼敬先师孔子，为圣德增添光辉；至于说到光荣，我们实在不敢承受。”章帝大笑道：“不是圣人的子孙，哪能说出这样的话！”于是任命孔僖为郎中。
壬辰日，章帝到达东平国，追念东平献王刘苍（章帝叔父），对他的儿子们说：“思念这个人，来到他的故乡；他的住处还在，人却已逝。”说着泪水沾湿了衣襟。于是前往东平献王陵墓，用太牢（猪牛羊三牲）之礼祭祀，并亲自在灵座前跪拜，哭泣尽哀。当年东平献王刘苍返回封国时，骠骑将军府的官吏丁牧、周栩因为刘苍爱护贤才、礼贤下士，不忍离去，于是做了刘苍的王府家臣数十年，侍奉了祖孙三代。章帝听说后，都予以接见，既怜悯他们长期屈居下位，又想褒扬献王刘苍的美德，当即都提升他们为议郎。乙未日，章帝到达东阿县，向北登上太行山，到达天井关。夏季，四月乙卯日，返回皇宫。庚申日，在宗庙向父祖（明帝刘庄）禀告出巡归来。
五月，改封江陵王刘恭为六安王。
秋季，七月庚子日，章帝下诏说：“《春秋》重视‘三正’（夏、商、周三种历法的正月），慎重对待‘三微’（三正开始万物萌动的微妙时节）。现在制定律令规定：不得在十一月、十二月判决囚犯（处决犯人），只可在冬初十月进行。”
冬季，南匈奴单于派兵与北匈奴温禺犊王在涿邪山交战，斩杀俘获敌人后返回。武威太守孟云上书说：“北匈奴先前已经与汉朝和亲，而南匈奴又去劫掠，北单于认为汉朝欺骗了他，打算进犯边塞，臣认为应该归还南匈奴所掳掠的北匈奴人口，以安抚他们的心意。”章帝下诏让百官在朝堂商议。太尉郑弘、司空第五伦认为不能答应，司徒桓虞和太仆袁安认为应当归还。郑弘因此高声激动地对桓虞说：“凡是主张应当归还俘虏的，都是不忠！”桓虞当即呵斥他，第五伦和大鸿胪韦彪也都变了脸色。司隶校尉据此弹劾郑弘等人，郑弘等人都上交印绶（官印）谢罪。章帝下诏答复说：“长久商议而议而不决，各有各的主张，事情本应通过讨论决定，政策由众人议定，大家坦诚平和地议论，才是符合礼制的表现；缄默不言压抑心意，更不是朝廷的福气。你们有什么过错要如此深重地谢罪呢？都戴上官帽官复原职吧！”于是章帝下诏说：“江海之所以能成为百川之长，是因为它处于低下的位置。稍加屈尊谦下，又有什么值得介意的！何况现在与匈奴的君臣名分已定，言辞恭顺，盟约明确，贡品屡屡送来，岂能违背信义，自取理亏！敕令度辽将军及兼领中郎将的庞奋，加倍补偿南匈奴所掳掠的人口归还给北匈奴；至于南匈奴斩杀俘获敌人的功劳，应照常例计算功绩接受奖赏。”
元和三年（丙戌，公元86年）
春季，正月丙申日，章帝北巡，辛丑日，在怀县（今河南武陟）举行亲耕礼；二月乙丑日，敕令侍御史、司空说：“正值春季经过之处，不得有任何砍伐杀害的行为；车辆可以回避的，就回避；拉车的边马（骖马）可以解下的，就解下来。”戊辰日，到达中山国（今河北定州），出长城；癸酉日，返回，到达元氏县（今河北元氏）；三月己卯日，前往赵国（今河北邯郸）；辛卯日，返回皇宫。太尉郑弘多次向章帝陈述侍中窦宪权势太盛，言辞非常恳切激愤，窦宪因此痛恨他。适逢郑弘弹劾窦宪的同党尚书张林、洛阳令杨光在任上贪婪残暴。奏章呈上后，处理奏章的官吏与杨光是故交，便将此事告诉了杨光，杨光报告了窦宪。窦宪就弹劾郑弘身为朝廷重臣，泄露机密事务。章帝责备郑弘。夏季，四月丙寅日，收缴了郑弘的印绶。郑弘自己前往廷尉投案，章帝下诏命释放他，于是他请求告老还乡，未被批准。郑弘病重，上书陈述谢罪说：“窦宪奸恶，罪恶滔天，天下人疑惑不解，无论贤愚都痛恨他，说‘窦宪用什么手段迷惑了皇上！近来王莽篡位的灾祸，昭然可见。’陛下身居天子之尊，维系万世的基业，却信任谗佞之臣，不考虑国家存亡的关键；臣虽然生命危在旦夕，至死不忘尽忠，希望陛下诛杀窦宪等‘四凶’的罪行，以满足人神共同的愤恨和期望！”章帝看了奏章，派医生探视郑弘的病，等医生赶到时，郑弘已经去世。
任命大司农宋由为太尉。
司空第五伦因年老多病请求退休，五月丙子日，章帝赐策书准其退休，终身享受二千石（九卿级别）的俸禄。第五伦奉公守法，尽忠守节，议论政事从不模棱两可。他本性诚实敦厚，少有文采，在任以清白着称。有人问第五伦：“您有私心吗？”他回答说：“从前有人送我一匹千里马，我虽然没有接受，但每当三公（太尉、司徒、司空）讨论选拔官员时，心里总忘不了那个人，但也始终没有任用他。像这样，难道能说没有私心吗！”
任命太仆袁安为司空。
秋季，八月乙丑日，章帝到达安邑（今山西夏县），视察盐池。九月，返回皇宫。
烧当羌首领迷吾再次和他的弟弟号吾以及各部落反叛。号吾率先轻装入侵陇西郡边界，督烽掾（管理烽燧的官吏）李章追击，活捉了号吾，要押送到郡府。号吾说：“只杀我一人，对羌人无损；如果放我活着回去，我一定解散全部军队，不再侵犯边塞。”陇西太守张纡放走了他，羌人随即解散，各自回到原来的住地。迷吾退居到黄河北岸的归义城。
疏勒王忠向康居王借兵，返回占据损中（疏勒地名），派使者向班超假投降，班超知道他的奸计却假装答应。忠带领少量骑兵来见班超，班超杀了他，乘机击败了他的部众，通往西域的南道从此畅通。
楚王刘英的母亲许太后去世。章帝下诏改葬楚王刘英（被废自杀），追封爵位谥号为楚厉侯。
章帝任命颍川人郭躬为廷尉。郭躬审案判刑，多依宽恕原则，他条陈了四十一项可以从轻判决的重罪条文，上奏朝廷，建议都被采纳施行。
博士、鲁国人曹褒上书，认为“应该制定礼仪制度，写成汉代的礼典”，太常巢堪认为“一代大典，不是曹褒能制定的，不可允许。”章帝知道儒生们拘泥古制，难以和他们从头谋划，朝廷的礼仪法典，应该及时确立，于是任命曹褒为侍中。玄武司马班固认为“应该广泛召集众儒生，共同商议得失。”章帝说：“俗话说：‘在路边盖房子，三年也盖不成。’会集讨论礼仪的人家，名义上是共同评议，实则互相质疑分歧，下笔不能成文。从前尧作《大章》乐，有一个夔就足够了。”
章和元年（丁亥，公元87年）
春季，正月，章帝召见曹褒，将叔孙通所着的《汉仪》十二篇交给他，说：“这套制度散乱简略，多与儒家经典不合，现在应该依据礼仪加以调整修正，使它能够施行。”
护羌校尉傅育想讨伐烧当羌，因为他们是新投降的部落，不想出兵攻打，于是招募人挑动羌人、胡人互相争斗；羌人、胡人不肯，于是再次叛逃出塞，重新依附迷吾。傅育请求征调各郡士兵数万人共同进攻羌人。还没等到各郡兵会合，三月，傅育独自进军。迷吾听说后，带着部落迁移离去。傅育派遣三千精锐骑兵穷追不舍，夜晚，追到三兜谷，没有设置防备，迷吾发动袭击，大败傅育军队，杀死傅育及其部下官兵八百八十人。等到各郡兵赶到，羌人已经撤走。章帝下诏任命陇西太守张纡为护羌校尉，率领一万人驻扎在临羌。
夏季，六月戊辰日，司徒桓虞被免职。癸卯日（按：六月无癸卯，疑日期有误），任命司空袁安为司徒，光禄勋任隗为司空。任隗是任光的儿子。
齐王刘晃和他的弟弟利侯刘刚，与他们的母亲太姬互相诬告。秋季，七月癸卯日，章帝下诏将刘晃的爵位贬为芜湖侯，削减刘刚封邑三千户，收回太姬的玺绶（王太后印玺）。
壬子日，淮阳顷王刘昞去世。
鲜卑部落攻入北匈奴左地（东部），攻击北匈奴，大败北匈奴军，斩杀优留单于后返回。
羌人首领迷吾再次联合各部落侵犯金城塞（金城郡边塞），张纡派遣从事河内人司马防在木乘谷与他们交战。迷吾兵败逃走，通过翻译使者请求投降，张纡接受了。迷吾率领部众来到临羌，张纡设下伏兵大摆宴席，在酒中下毒，伏兵杀死羌人酋长豪帅八百多人，砍下迷吾的头用来祭祀傅育的坟墓，又发兵攻击其余部众，斩杀俘获数千人。迷吾的儿子迷唐，与各部落解除仇怨，互相通婚交换人质，占据大榆谷、小榆谷反叛，部众人多势盛，张纡无法制服。
壬戌日，章帝下诏说祥瑞之物不断出现，改年号为章和。这时，京城和四方多次出现祥瑞，前后有数百上千次，议论的人都认为是美事。但太尉掾平陵人何敞唯独厌恶这些，对宋由、袁安说：“祥瑞应和德行而降临，灾异则因政事不良而产生。如今奇异的鸟在宫殿屋顶飞翔，怪异的草生在庭院之中，不可不察！”宋由、袁安感到害怕不敢回答。
八月癸酉日，章帝南巡。戊子日，到达梁国；乙未日（月末），到达沛国（今江苏沛县）。
发生日食。
九月庚子日，章帝到达彭城（今江苏徐州）。辛亥日，到达寿春（今安徽寿县）；重新封阜陵侯刘延为阜陵王。己未日，到达汝阴（今安徽阜阳）。冬季，十月丙子日，返回皇宫。
北匈奴大乱，屈兰储等五十八个部落、人口二十八万到云中、五原、朔方、北地四郡投降。
曹褒依据旧典，掺杂《五经》和《谶记》的条文，编撰上自天子下至平民的冠礼（成年礼）、婚礼、吉礼、凶礼等礼仪制度，共一百五十篇，呈报朝廷。章帝因为众人意见难以统一，所以就收下了，但不再命令有关部门评议上奏。
这一年，班超征调于阗等各国军队共二万五千人进攻莎车国，龟兹王则征发温宿、姑墨、尉头三国军队共五万人救援莎车。班超召集将校和于阗王商议说：“现在我们兵力少打不过敌人，最好的计策不如各自散去。于阗军队从这里向东撤回，长史（班超自称）也从这里西撤回疏勒，可等到夜间听到鼓声就出发。”并故意放松看管所俘虏的龟兹士兵。龟兹王得知消息后，大喜，亲自率领一万骑兵在西边拦截班超，温宿王率领八千骑兵在东边拦截于阗军队。班超探知龟兹、温宿两军已出动，秘密召集各部整顿军队。鸡叫时分，急驰奔袭莎车军营。胡人大惊混乱，四处奔逃，班超军队追击斩杀五千多人；莎车于是投降，龟兹等国军队因此各自撤退散去。从此班超威震西域。
章和二年（戊子，公元88年）
春季，正月，济南王刘康、阜陵王刘延、中山王刘焉进京朝见。章帝性情宽厚仁爱，重视骨肉亲情，所以叔父济南王刘康、中山王刘焉，经常进京朝见，特别受到恩宠；以及各位兄弟都留在京城，不遣送回封国。章帝又赏赐群臣，超过了制度规定，国库因此空虚。何敞向宋由呈递文书说：“连年发生水旱灾害，百姓没有收成。凉州沿边一带，家家遭受战祸；中原各郡，公私财力枯竭。这正是应该减膳节用的时候，皇恩浩荡，但赏赐过度，仅听说年底的腊赐（年终赏赐），自郎官以上，公卿、王侯以下，就导致国库空虚，损耗国家资财。推究国家的用度，都出自百姓的劳力。圣明的君主赏赐，应该有限度；忠臣接受赏赐，也应有分寸。因此夏禹赐给诸侯玄圭（黑色玉器），周公赏赐束帛（五匹帛）。如今明公您地位尊贵责任重大，职责深重，对上应当匡正国家纲纪，对下应当安抚百姓，岂能只是空守职位没有过错就算尽责！应该先端正自己作为群臣表率，退还所得的赏赐，乘机陈述朝廷得失，奏请让王侯们回到封国，解除禁止百姓进入皇家苑囿的命令，节省不必要的开支，赈济抚恤贫穷孤独的人，这样恩德才能下达，百姓才会喜悦。”宋由未能采纳。尚书南阳人宋意上书说：“陛下至孝无比，恩情深厚，以礼宠爱诸王，如同家人，诸王乘车进入殿门，入席不拜，分享美食，赏赐优厚。刘康、刘焉有幸以旁支庶子的身份，享受大国的食邑，陛下对他们的恩宠逾越制度，礼敬过度。《春秋》的大义，对伯父、叔父、兄弟，没有不称臣的，这是为了尊崇尊贵者，区分卑下者，加强主干削弱旁枝。陛下德业兴隆，应当成为万世的典范，不应当因私恩损害上下的次序，失掉君臣的正道。另外，西平王刘羡等六位亲王，都已娶妻成家，官属齐备，应当尽早前往封国，为子孙建立基业；然而他们的宅第相连，长久盘踞在京城，骄纵奢侈超越本分，恩宠俸禄过于丰厚。陛下应当割舍不忍之情，以大义割断恩情，遣送刘康、刘焉各回封国，命令刘羡等迅速选择适当时机就国，以平息众人的期望。”章帝还未来得及遣送。
壬辰日，章帝在章德前殿驾崩，享年三十一岁。遗诏说：“不要修建寝庙，一切依照先帝（明帝）的制度。”
范晔评论说：魏文帝（曹丕）称汉明帝明察秋毫，汉章帝是忠厚长者。章帝素来知人善任，厌恶明帝的苛刻严厉，行事力求宽厚；侍奉明德马太后，尽心孝道；减轻徭役赋税，百姓蒙受恩惠；又能以忠恕为本，以礼乐教化天下。称他为长者，不也很恰当吗！
太子（刘肇）即位，年仅十岁，尊窦皇后为皇太后。
三月丁酉日，根据遗诏改封西平王刘羡为陈王，六安王刘恭为彭城王。
癸卯日，将孝章皇帝安葬于敬陵。
南匈奴单于宣去世，单于长的弟弟屯屠何即位，称为休兰尸逐侯鞮单于。
窦太后临朝摄政，窦宪以侍中身份在宫内掌管机密，向外宣布太后的诏命；弟弟窦笃任虎贲中郎将，窦笃的弟弟窦景、窦瓌同为中常侍，兄弟都在亲近重要的职位上。窦宪的门客崔骃写信告诫窦宪说：“古书上说：‘生来就富有的会骄傲，生来就尊贵的会傲慢。’生来富贵而能不骄傲傲慢的，从未有过。如今您恩宠禄位刚刚隆盛，百官都在观察您的行为，岂能不日夜勤勉，以求保持美好的声誉到永远呢！从前冯野王以外戚身份居官，被称为贤臣；近世阴卫尉（阴兴）克制私欲，言行合礼，最终多受其福。外戚之所以被当时人讥讽，给后世留下过失，根源就在于自满而不收敛，地位有余而仁德不足。汉朝建立以来，直到哀帝、平帝，外戚共有二十家，能保全家族和自身的，只有四人而已。《尚书》说：‘以殷商为鉴，’能不慎之又慎吗！”
庚戌日，皇太后下诏：“任命已故太尉邓彪为太傅，赐爵关内侯，总管尚书事务，百官各统己职听命于太傅。”窦宪因为邓彪有礼让的名声，为先帝所敬重，而且为人仁厚顺从，所以尊崇他。窦宪要做什么事，往往就在外面让邓彪上奏，自己再到内宫向太后说明，事情无不获准。邓彪在任，只是修养自身而已，不能对朝政有所匡正。窦宪性情果断急躁，连瞪他一眼的小怨，也无不报复。永平年间（明帝时），谒者韩纡曾审理过窦宪父亲窦勋的案件，窦宪竟派门客杀死韩纡的儿子，用人头祭奠窦勋的坟墓。
癸亥日，陈王刘羡、彭城王刘恭、乐成王刘党、下邳王刘衍、梁王刘畅开始前往各自的封国。
夏季，四月戊寅日，根据遗诏废除各郡国禁止民间煮盐冶铁的禁令，允许百姓自由煮盐和冶铁铸器。
五月，京城发生旱灾。
北匈奴发生饥荒混乱，投降南匈奴的每年有数千人。秋季，七月，南单于（屯屠何）上书说：“应当趁北匈奴内部分裂争斗，出兵讨伐，击破北匈奴，成全南匈奴，使南北合并为一国，让汉朝永远没有北方之忧。臣等生长在汉地，开口仰赖朝廷供给，每年按时赏赐，动辄亿万，即使垂衣拱手安枕无忧，也惭愧没有报效的机会，现在愿意征调本国以及归附各部原属匈奴的精兵，分路同时出击，约定十二月在北匈奴境内会师。臣兵力单薄，不足以内外兼顾，希望派遣执金吾耿秉、度辽将军邓鸿以及西河、云中、五原、朔方、上郡等郡太守合力北进。期望凭借圣明天子的威德神助，一举平定。臣国的成败，关键就在今年，已命令各部整备兵马，恳请圣上裁决体察！”太后把奏书给耿秉看。耿秉上书说：“从前汉武帝用尽天下之力，想使匈奴臣服，没有遇到有利时机，事情最终没有成功。如今幸遇上天赐予良机，北匈奴内部分裂争斗，用夷狄去攻打夷狄，对国家有利，应该答应南单于的请求。”耿秉并主动表示自己受国厚恩，理当效命疆场。太后商议打算听从他们的建议。尚书宋意上书说：“戎狄轻视礼义，没有上下之分，强者称雄，弱者屈服。自汉朝建立以来，多次征伐。但所得的战果，远不能补偿损失。光武皇帝亲身经历战争苦难，深明天地之道，所以趁他们前来投降，采取笼络蓄养政策，使边民得以生存，劳役得以休整，至今已四十多年了。如今鲜卑部落归顺朝廷，斩杀俘获北匈奴数以万计，汉朝坐享其功，而百姓并未付出辛劳。汉朝建立的功业，此时最为盛大。之所以如此，是因为夷狄互相攻打，汉军没有损伤。臣观察鲜卑之所以进攻匈奴，正是贪图劫掠的利益；把功劳归于汉朝，实际上是贪图丰厚的奖赏。现在如果听任南匈奴返回北庭（单于王庭），那就不得不限制鲜卑的行动。鲜卑对外失去了劫掠的愿望，对内得不到朝廷的功劳赏赐，以其豺狼般的贪婪本性，必定会成为边疆的祸患。现在北匈奴向西远逃，请求和亲，应当趁其归附，把他们作为外部的屏障，巍巍的功业，莫过于此。如果出兵耗费军费，去顺从南匈奴的意愿，那就是放弃上策，走向危途了。实在不可答应。”
适逢齐殇王刘石的儿子都乡侯刘畅来京城吊唁章帝的国丧，太后多次召见他，窦宪害怕刘畅分夺自己在宫省（皇宫）的权力，派刺客在屯卫（禁卫军驻地）中刺杀了刘畅，而把罪名推到刘畅的弟弟利侯刘刚身上，便派侍御史和青州刺史一同审讯刘刚等人。尚书颍川人韩棱认为“凶手就在京城，不应该舍近求远去查问，恐怕会被奸臣嘲笑。”太后发怒，严厉责备韩棱，韩棱坚持自己的意见。何敞对宋由说：“刘畅是皇室宗亲，封国藩臣，来吊唁大丧，上书等候回复，却在禁卫军保护下遭此残酷杀害。奉法的官吏，没有尽力追捕凶手，行踪不明，凶手姓名不能确定。我何敞位列朝廷重臣，职责主管缉捕盗贼，想亲自到出事地点，督察破案。但司徒、司空二府（指宋由和袁安）的办事官员认为依照旧例：三公不参与追捕盗贼。您纵容奸恶，没人认为这是过失。我请求独自上奏审理此案。”宋由这才同意。二府听说何敞去查案，也都派主管官员随同。于是追查审讯，详细掌握了事实真相。太后大怒，将窦宪禁闭在内宫。窦宪害怕被杀，就自己请求出击匈奴来赎死罪。冬季，十月乙亥日，任命窦宪为车骑将军，讨伐北匈奴，任命执金吾耿秉为副统帅。征调北军五校（屯骑、越骑、步兵、长水、射声五营）、黎阳营、雍营、沿边十二郡的骑兵以及羌人、胡人部队出塞。
公卿推举前张掖太守邓训代替张纡为护羌校尉。迷唐率领一万骑兵来到边塞，不敢进攻邓训，先想胁迫小月氏胡人。邓训保护小月氏胡人，使他们无法与羌人交战。议论的人都认为羌人、胡人互相攻击，对朝廷有利，不应阻止保护。邓训说：“因为张纡失信，羌人大规模叛乱，凉州官吏百姓的性命，悬于一线。推究各胡人部落之所以难以信任，都是因为朝廷恩德信誉不够深厚。现在趁他们处境危急，用恩德去感召他们，或许能为我所用。”于是下令打开城门以及自己所住官署的园门，将所有小月氏胡人的妻子儿女都接进城内，派兵严密守卫。羌人劫掠一无所获，又不敢逼近各胡人部落，因而随即撤走。从此湟中（青海湟水流域）各胡人部落都说：“汉朝常常想让我们互相争斗；如今邓使君用恩德信义对待我们，打开城门接纳我们的妻子儿女，这真是得到父母般的恩情啊！”都欢喜地叩头说：“唯邓使君之命是从！”邓训于是抚养教化胡人，无论大小无不感动喜悦。接着邓训悬赏招降羌人各部落，让他们互相招引，迷唐的叔父号吾率领他的部落八百户前来投降。邓训因此征调湟中地区的秦人、胡人、羌人部队四千人出塞，在写谷袭击迷唐，大败迷唐军，迷唐于是撤离大榆谷、小榆谷，移居颇岩谷，部众全部离散。
汉和帝永元元年（己丑，公元89年）
春季，迷唐想返回故地。邓训征发湟中地区六千人，命令长史任尚率领，将皮革缝制成船，放在木筏上渡过黄河，突袭迷唐，大败羌军，先后斩杀一千八百多人，俘虏二千人，缴获马、牛、羊三万余头，迷唐的整个部落几乎被消灭。迷唐收集残部向西迁徙一千多里，原来依附他的各小部落都背叛了他。烧当部落首领东号（人名）叩头归降请死，其余的人都到边塞请求归附纳质。于是邓训安抚接纳归降的羌胡，威望信誉大行于边地，便撤除屯兵，让他们各自回归本郡，只留下弛刑徒（赦免的囚犯）二千多人，分给他们屯田、修缮堡垒坞壁的任务而已。
窦宪将要出征匈奴，三公、九卿到朝堂上书劝阻，认为：“匈奴并未侵犯边塞，却要无故劳师远征，耗费国家资财，到万里之外去求取功劳，这不是国家的根本大计。”奏书接连呈上，都被搁置。宋由感到害怕，便不敢再在奏章上署名，而其他大臣也渐渐自动退止。唯独袁安、任隗坚持正议毫不动摇，甚至摘下官帽在朝堂上极力谏争，前后达十次之多，众人都替他们感到危险恐惧，袁安、任隗却神色自若。侍御史鲁恭上书说：“国家新遭大丧（章帝去世），陛下还在守丧期间，百姓困苦，春夏秋三季听不到皇帝出巡的警戒清道声（指皇帝守丧深居），人们无不思念忧虑，如同有所求而得不到。现在却在盛春之月征发军役，扰动天下，去对付戎狄，实在不是施恩于中国、改元正时（永元元年）、由内及外的做法。天下万民，是上天所生；上天爱惜他的子民，如同父母爱护子女，哪怕有一物不得其所，天地正气也会为之错乱，何况是人呢！所以爱护百姓的人必得天的回报。那些戎狄，是四方与中原不同的异气，与鸟兽没有区别；如果让他们杂居在中原，就会扰乱天地正气，玷污善良之人，所以圣明君王的制度，对他们只是笼络牵制不绝而已。如今匈奴被鲜卑打败，远远躲藏到史侯河（今蒙古国色楞格河）以西，距离边塞数千里，而想趁其空虚衰弱，利用其微弱之机，这不是道义所应做的事。现在刚开始征调军队，大司农调度的物资已告不足，上下相迫，民间的困苦，也已经很严重了。群臣和百姓都说不可，陛下为什么偏要以一人的计策，抛弃万人的性命，不体恤他们的呼声呢！上观天意，下察民心，足以知道事情的得失。臣恐怕中国将不再是中国，岂止是匈奴的问题啊！”尚书令韩棱、骑都尉朱晖、议郎京兆人乐恢，都上书劝谏，太后不听。太后又下诏令使者为窦宪的弟弟窦笃、窦景一并修建宅第，劳役百姓。侍御史何敞上书说：“臣听说匈奴叛逆桀骜不驯已经很久了，高祖在平城被围的耻辱，吕后收到冒顿单于傲慢书信的羞辱，这两大耻辱，是臣子们所说应该捐躯拼死雪耻的，但高祖、吕后忍怒息忿，放过匈奴不加诛讨。如今匈奴没有叛逆的罪行，汉朝也没有可羞惭的耻辱，而正当盛春农忙时节，大兴劳役，百姓怨恨，都心怀不满。又随意为卫尉窦笃、奉车都尉窦景修缮宅第，占满街巷。窦笃、窦景是陛下的亲近贵臣，应当作为百官的楷模。现在大军在征途之中，朝廷焦虑，百姓愁苦，国家财政空虚，却急忙修建宏大的宅第，装饰玩赏之物，这不是用来垂示美德、传之无穷的做法啊。应该暂停工匠的劳役，专心担忧北方的战事，体恤百姓的困苦。”奏书呈上，未被理睬。
窦宪曾派门生带着书信去见尚书仆射郅寿，有所请托，郅寿立即将此人送交诏狱（奉诏关押犯人的监狱），并前后上书，陈述窦宪骄横放纵，引用王莽篡汉的事例来告诫国家；又在朝会时，讽刺窦宪等人征伐匈奴、修建宅第等事，言辞严厉，声色俱厉，旨意非常恳切。窦宪大怒，诬陷郅寿购买公田、诽谤朝廷，将其逮捕下狱，判处死刑。何敞上书说：“郅寿是掌管机密的近臣，职责就是匡正补救朝政得失，如果他保持沉默不言，那才罪该处死。现在郅寿违逆众人坚持正议以安定国家，岂是为私！臣所以冒死进谏这些不明事理的话，并非为了郅寿。忠臣尽节，视死如归；臣虽不了解郅寿，但推测他会甘之如饴。臣实在不愿圣朝因诽谤罪而杀人，伤害了宽和的教化，堵塞忠直之路，留下无穷的讥讽。臣何敞谬参机密，说了不该说的话，罪名明白，应当被投入牢狱，在郅寿之前先死，死有余辜。”奏书呈上后，郅寿得以减免死刑，改判流放合浦郡。尚未动身，郅寿便自杀了。郅寿是郅恽的儿子。
夏季，六月，窦宪、耿秉从朔方郡鸡鹿塞（今内蒙古磴口西北）出塞，南单于从满夷谷（今内蒙古固阳县西）出塞，度辽将军邓鸿从稒阳塞（今内蒙古包头东）出塞，三路大军在涿邪山（今蒙古国阿尔泰山脉东南部）会师。窦宪分派副校尉阎盘、司马耿夔、耿谭率领南匈奴精锐骑兵一万多人，与北单于在稽洛山（今蒙古国杭爱山南脉）交战，大败北匈奴军，北单于逃走。汉军追击北匈奴各部落，到达私渠北鞮海（今蒙古国乌布苏诺尔湖），斩杀北匈奴亲王以下一万三千人，俘获大批人口，各种牲畜一百多万头。北匈奴各小王率领部众投降的，前后共八十一部二十多万人。窦宪、耿秉出塞三千多里，登上燕然山（今蒙古国杭爱山），命令中护军班固刻石记功，颂扬汉朝的威德，然后班师。窦宪派遣军司马吴汜、梁讽带上金帛财物送给北单于，当时北匈奴内部混乱，吴汜、梁讽在西海（今蒙古国科布多附近）追上北单于，宣扬汉朝的国威和信誉，以皇帝诏命赐予财物，北单于叩头接受。梁讽趁机劝说北单于效法呼韩邪单于（归附汉朝的先例），北单于很高兴，立即率领部众同梁讽一道返回；到达私渠海时，听说汉军已进入边塞，便派弟弟右温禺鞮王带着贡物到汉朝充当人质，随同梁讽到洛阳。窦宪因北单于没有亲自前来，上奏请求将送来做人质的单于之弟遣送回去。
秋季，七月乙未日，会稽郡发生山崩。
九月庚申日，任命窦宪为大将军，中郎将刘尚为车骑将军。封窦宪为武阳侯，食邑二万户；窦宪坚决辞让封爵，太后下诏允许。依照旧制，大将军的地位在三公之下，至此，太后下诏规定窦宪的地位在太傅之下、三公之上；大将军长史、司马的品秩为中二千石（九卿级别）。封耿秉为美阳侯。窦氏兄弟骄横放纵，而执金吾窦景尤其严重，他的奴仆和缇骑（执金吾属下的骑兵）强行抢夺他人财物，篡夺释放罪犯，奸淫掳掠妇女。商人们纷纷关闭店门，如同躲避仇敌。窦景又擅自征发沿边各郡有才干的突骑（精锐骑兵），有关官员无人敢举报弹劾。袁安弹劾窦景“擅自征发边兵，惊扰官民；郡太守不凭朝廷符信而奉行窦景的文书，应当处死明示。”又弹劾“司隶校尉、河南尹阿谀依附贵戚，不举报弹劾，请免官治罪。”这些奏书都被搁置不批。只有窦宪的弟弟驸马都尉窦瓌，喜爱儒家经书，约束节制，修养自身。
尚书何敞呈上密封奏书说：“从前郑武公的妻子武姜宠爱小儿子叔段，卫庄公宠爱庶子州吁，只爱不教，最终酿成凶杀叛乱。由此看来，像这样爱护子女，如同饥饿时拿毒药给他吃，恰恰是害了他。臣见大将军窦宪，在章帝驾崩之初，公卿接连上奏，想让他主持国事。窦宪深执谦退，坚决辞让高位，言辞恳切勤勉，情深意重，天下人听说，无不喜悦。现在丧期未过一年（不足一年），大丧之礼尚未结束，突然中途改变（指临朝太后重用窦宪），窦氏兄弟专擅朝政，窦宪掌握全国军事大权，窦笃、窦景总管宫廷禁卫大权，而他们虐待百姓，奢侈僭越，滥杀无罪之人，随心所欲只求快意。如今朝野议论纷纷，都说叔段、州吁又在汉朝复活了。臣观察公卿大臣们持观望态度，不肯直言的原因，是认为窦宪等人如果能有勤勉不怠的志向，自己就会像周宣王时尹吉甫褒扬申伯（外戚）的功劳那样受褒扬；如果窦宪等人陷于罪过，那么自己则像陈平、周勃顺从吕后那样，最终不会因窦宪等人的吉凶而担忧！臣何敞一片诚心，是希望想出一个两全其美的计策，杜绝绵绵不断的祸患，堵塞涓涓细流般的小过，对上不想让皇太后有损文母（周文王妃太姒）的美名，使陛下有失孝道之讥；对下使窦宪等人能长久保持他们的福分和官禄。驸马都尉窦瓌，近来多次请求退身，希望抑制窦家的权势，可以和他商议，听从他的意见，这实在是宗庙社稷的长远之计，也是窦氏的福分啊！”当时济南王刘康地位尊贵，行为十分骄横，窦宪便奏请将何敞调出京城任济南太傅。刘康有违法行为，何敞就直言规劝，刘康虽然不能听从，但一向敬重何敞，没有什么嫌隙隔阂。
冬季，十月庚子日，阜陵质王刘延去世。
这一年，九个郡国发生严重水灾。
永元二年（庚寅，公元90年）
春季，正月丁丑日，大赦天下。
二月壬午日，发生日食。
夏季，五月丙辰日，封皇弟刘寿为济北王，刘开为河间王，刘淑为城阳王；将前淮南顷王刘歙的儿子刘侧封为常山王（继承其父王爵）。
窦宪派遣副校尉阎盘率领二千多骑兵袭击驻守伊吾的北匈奴军队，重新夺取了该地。车师国（今新疆吐鲁番一带）震惊恐惧，前王、后王各派王子到汉朝充当人质。
月氏国（今中亚阿姆河流域）请求娶汉朝公主，班超拒绝并遣返月氏使者，月氏因此怨恨，派其副王谢率领七万大军进攻班超。班超兵力少，部下都非常恐惧；班超开导士兵说：“月氏兵虽然多，但跋涉数千里翻越葱岭（今帕米尔高原）而来，没有后勤运输，有什么可忧虑的！我们只需坚守城池，他们饥饿困穷自然会投降，不过几十天就能见分晓了！”谢于是进攻班超，未能攻克，四处抢掠又一无所获。班超估计他们的粮食快吃完了，必定会向龟兹求援，就派兵数百人在东路拦截。谢果然派骑兵带着金银珠宝去贿赂龟兹，班超的伏兵拦击，将使者全部杀死，拿着使者的头颅给谢看。谢大惊，立即派使者前来请罪，希望能让他们活着回去，班超放他们走了。月氏因此受到极大震动，每年都向汉朝进贡。
当初，北海哀王刘基没有后代，章帝因齐武王刘演（光武帝兄）首倡反莽大业而其后代封国断绝，心中常感怜悯，遗诏命令恢复齐国、北海国两个封国。丁卯日，封芜湖侯刘无忌（刘演曾孙）为齐王，北海敬王刘睦的庶子刘威为北海王。
六月辛卯日，中山简王刘焉去世。刘焉是东海恭王刘强的同母弟，而窦太后是刘强的外甥女（窦太后母亲是刘强女儿沘阳公主）；所以特别赐予助丧钱一亿，大修坟墓，削平官吏百姓的坟墓数以千计，施工的有一万多人，共征发扰动了六个州十八个郡。
朝廷下诏封窦宪为冠军侯，窦笃为郾侯，窦瓌为夏阳侯；只有窦宪不肯接受封爵。
秋季，七月乙卯日（按：七月无乙卯，疑日期有误），窦宪出兵驻扎凉州，任命侍中邓叠代理征西将军职务作为副手。
北单于因汉朝送还其入侍的弟弟，九月，再次派使者到边塞表示臣服，并请求入京朝见。冬季十月，窦宪派班固、梁讽前往迎接。适逢南单于再次上书请求消灭北匈奴王庭，于是南单于派遣左谷蠡王师子等人率领左右两部八千骑兵从鸡鹿塞出塞，中郎将耿谭派遣从事率领汉军监护，袭击北单于。夜晚到达，包围了北单于，北单于受伤，仅以身免，汉军俘获北单于的阏氏（皇后）及其子女五人，斩杀八千人，俘虏数千人。班固到达私渠海后返回。这时，南匈奴部众日益强盛，拥有三万四千户，能当兵作战的有五万人。
永元三年（辛卯，公元91年）
春季，正月甲子日，和帝（刘肇）采用曹褒制定的新礼仪，举行冠礼（成年礼）；提升曹褒为羽林左骑监。
窦宪认为北匈奴势力微弱，想趁机将其消灭，二月，派遣左校尉耿夔、司马任尚从居延塞（今内蒙古额济纳旗东南）出塞，在金微山（今阿尔泰山）包围了北单于，大败北匈奴军，俘虏了北单于的母亲阏氏、亲王以下五千多人，北单于逃走，不知去向。汉军出塞五千多里后班师，这是自汉朝出兵以来从未到达过的地方。朝廷封耿夔为粟邑侯。
窦宪立下大功之后，威名更加显赫，他以耿夔、任尚等为爪牙，邓叠、郭璜为心腹，班固、傅毅等人掌管文书，各州刺史、郡太守、县令，大多出自他的门下，这些人竞相搜刮官吏百姓，一起贿赂窦宪。司徒袁安、司空任隗弹劾各二千石官员以及牵连到的人，被贬官免职的达四十多人，窦氏集团十分痛恨；但袁安、任隗一向品行高尚，窦氏也无法加害他们。尚书仆射乐恢，检举弹劾无所回避，窦宪等人非常痛恨他。乐恢上书说：“陛下年轻，继承帝业，各位舅父（指窦宪兄弟）不应干预把持王室，向天下显示私心。当今的上策是，皇上应以大义自行割舍亲情，臣下应以谦让主动引退，四位国舅（窦宪、窦笃、窦景、窦瓌）就可以长久保持封爵国土的荣耀，皇太后也可以永远没有辜负宗庙的忧虑，这实在是上上之策。”奏书呈上，未被理睬。乐恢称病请求退休，返回故乡长陵；窦宪暗中指使州郡官员胁迫乐恢服毒自杀。于是朝廷大臣震惊恐惧，望风承旨，无人敢违抗窦氏。袁安因皇帝年幼势弱，外戚专权，每当朝会进见以及与公卿谈论国家大事时，无不呜咽流泪；从天子到大臣，都依赖他。
冬季，十月癸未日，和帝巡幸长安，下诏寻求萧何、曹参的近亲中适合做他们继承人的，以延续其封邑。
下诏命窦宪到长安会合车驾。窦宪到达时，尚书以下的官员商议想向他跪拜，高呼万岁，尚书韩棱正色道：“对上不谄媚，对下不亵渎；礼仪中没有称人臣为万岁的制度！”提议的人都感到惭愧而作罢。尚书左丞王龙私自向窦宪呈递文书并献上牛酒，韩棱上奏弹劾王龙，王龙被判服城旦刑（四年筑城劳役）。
龟兹、姑墨、温宿等国都归降汉朝。十二月，重新设置西域都护、骑都尉、戊己校尉等官职。任命班超为西域都护，徐干为长史。册立龟兹国的侍子（在汉朝做人质的王子）白霸为龟兹王，派司马姚光护送他回国。班超与姚光共同胁迫龟兹国，废黜了原来的国王尤利多而拥立白霸，让姚光带着尤利多返回京城洛阳。班超驻守龟兹国的它乾城，徐干驻守疏勒国。只有焉耆、危须、尉犁三国，因为从前曾杀死过西域都护陈睦，仍然怀有二心，其余西域国家全部平定。
庚辰日，和帝从长安返回京城。
当初，北单于逃亡后，他的弟弟右谷蠡王於除鞬自立为单于，率领部众数千人停留在蒲类海（今新疆巴里坤湖），派使者到边塞请求归附。窦宪请求派使者立於除鞬为单于，设置中郎将进行监护统领，如同对待南单于的先例。此事交付公卿商议，宋由等人认为可以答应；袁安、任隗上奏认为：“光武帝招降安抚南匈奴，并非认为可以让他们永远安居内地，而是一种权宜之计，是为了抵御北匈奴的缘故。如今北方沙漠（漠北）已经平定，应当命令南单于返回他的北方王庭，统领归降的部众，没有理由再另立於除鞬单于而增加国家经费负担。”奏书呈上后，未能及时决定。袁安担心窦宪的计划会被批准，便独自呈上密封奏章说：“南单于屯屠何（休兰尸逐侯鞮单于）的父亲（呼韩邪单于）率众归降汉朝，蒙受汉朝恩德至今已四十多年，经过三位皇帝的积累传到陛下，陛下理应遵循先帝遗志，成就他们的事业。何况屯屠何首先提出消灭北匈奴的大计，使北匈奴空国远逃，现在中止计划不予考虑，却要另立新降的於除鞬；用一时的计策，违背三代的规划，对长期供养的南单于失信，去扶持无功的於除鞬。《论语》说：‘言语忠信，行为笃敬，即使到了蛮貊之地也行得通。’如今如果失信于一个屯屠何，那么其他蛮夷都不敢再遵守汉朝的盟约了。另外，乌桓、鲜卑刚刚杀死北单于（优留单于），凡人之常情，都害怕仇敌，现在立优留单于的弟弟於除鞬，那么乌桓、鲜卑就会心怀怨恨。况且依照汉朝旧例，供给南单于的费用，每年达一亿零九十余万钱，供给西域的费用每年七千四百八十万钱；如今北匈奴王庭更加遥远，费用势必超过一倍，这是耗尽天下财力而非建设边疆的良策。”和帝下诏将此奏章交付群臣讨论，袁安又与窦宪进一步争辩。窦宪性情险恶急躁，仗恃自己的权势，言辞骄横，甚至诋毁袁安，还举出光武帝诛杀大臣韩歆、戴涉的旧事来威胁，袁安始终不动摇；然而和帝最终还是听从了窦宪的建议。