建武四年（公元497年）
春季正月，南齐实行大赦。
丙申日，北魏立皇子元恪为太子。孝文帝在清徽堂设宴，谈到废太子元恂时，李冲请罪说：“我身为太子师傅，没能好好辅导他。”孝文帝说：“我尚且没能感化他的恶行，师傅你有什么可请罪的！”
乙巳日，孝文帝向北巡视。
起初，尚书令王晏深受齐武帝的宠信，等到明帝谋划废黜郁林王时，王晏立刻欣然拥护。郁林王被废后，明帝和王晏在东府设宴，谈论时事，王晏拍着手说：“您以前总说我胆小，现在看看我怎么样？”明帝即位后，王晏自认为是辅佐新朝的功臣，常常轻视齐武帝时期的旧制度。他身居朝廷首位后，很多事务都独断专行，朝廷内外的重要职位，都任用自己的亲信，还经常和明帝争论用人问题。明帝虽然因为即位初期需要依靠王晏，却从心里厌恶他。明帝曾整理齐武帝的手诏，发现有三百多封是写给王晏的，内容都涉及国家大事，还发现王晏曾上奏劝谏齐武帝，反对明帝兼管官员选拔事务，因此更加猜忌、轻视王晏。始安王萧遥光劝明帝杀王晏，明帝说：“王晏对我有功劳，而且没有罪过。”萧遥光说：“王晏连齐武帝都不能忠心辅佐，怎么会对陛下忠心呢！”明帝沉默不语。明帝派心腹陈世范等人到街头巷尾，打探对王晏的议论。王晏为人浅薄，没有防备，一心想被授予开府仪同三司的职位，还多次请相面先生看相，说自己会大富大贵；和宾客交谈时，总喜欢屏退旁人，单独密谈。明帝听说后，怀疑王晏想谋反，于是有了杀他的念头。
奉朝请鲜于文粲暗中探查明帝的心意，告发王晏有谋反意图。陈世范又向明帝报告：“王晏谋划在四年南郊祭天的时候，和齐武帝过去的主帅在路上突然发动叛乱。”恰逢有老虎闯入郊坛，明帝更加害怕。郊祭前一天，明帝下令停止举行，先把消息告诉王晏和徐孝嗣。徐孝嗣奉旨停办，王晏却上奏说“郊祀是重大典礼，一定要亲自去办”。明帝越发相信陈世范的话。丙辰日，明帝在华林省召见王晏，把他杀了，还杀了北中郎司马萧毅、台队主刘明达，以及王晏的儿子王德元、王德和。明帝下诏说：“王晏和萧毅、刘明达因为河东王萧铉能力薄弱，谋划拥立他为君主，让他做有名无实的傀儡。”王晏的弟弟王诩担任广州刺史，明帝派南中郎司马萧季敞突袭广州，杀了王诩。萧季敞是明帝的堂叔弟。萧毅生活奢侈，喜好骑马射箭，被明帝猜忌，所以借着这件事陷害他。河东王萧铉之前因为年纪小、能力弱，没被明帝杀掉。萧铉上朝时，总是弯腰驼背，不敢和明帝并肩行走、直视明帝。到这时，萧铉年纪稍大，就因牵连王晏的事被免官，禁止和外人来往。
郁林王即将被废时，王晏的堂弟御史中丞王思远对王晏说：“哥哥你受齐武帝厚恩，现在却帮别人做这样的事；他或许现在需要你帮忙，但你将来怎么立足呢！如果现在自杀，还能保全家族，留下好名声。”王晏说：“我正喝粥，没时间想这种事。”等到王晏被任命为骠骑将军，召集子弟聚会，对王思远的哥哥王思征说：“隆昌末年，王思远劝我自杀；如果听了他的话，哪有今天！”王思远立刻回应：“按我当时的看法，现在自杀还不晚！”王思远知道明帝表面上优待王晏，心里却已怀疑他，趁机对王晏说：“现在形势有点不一样，哥哥你没察觉吗？普通人大多不擅长为自己谋划，却擅长算计别人。”王晏没有回应。王思远退下后，王晏才叹息说：“世上竟然有劝人去死的人！”十天后，王晏就败亡了。明帝听说王思远的话，所以没治他的罪，还升他为侍中。
王晏的表弟尉氏人阮孝绪也知道王晏一定会败亡，王晏多次去他家，他都躲藏起来不见。阮孝绪曾吃到一种味道鲜美的酱，问清楚是从王晏家得来的，立刻吐了出来，还把酱倒掉。等到王晏败亡，有人为阮孝绪担心，他说：“我和王晏是亲戚，但没有结党，有什么好怕的！”最终没被治罪。
二月壬戌日，孝文帝到达太原。
甲子日，南齐任命左仆射徐孝嗣为尚书令，征虏将军萧季敞为广州刺史。
癸酉日，孝文帝到达平城，召见穆泰、陆睿的党羽审问，没有一个人喊冤；当时人都佩服任城王元澄的明察。穆泰和他的亲信党羽都被处死；孝文帝赐陆睿在狱中自杀，赦免他的妻子儿女，把他们流放到辽西做平民。
起初，孝文帝迁都洛阳，改变旧习俗，并州刺史新兴公元丕对此很不满；孝文帝因为他是宗室老臣，也不强迫他，只是用大道理开导他，让他不要公开反对。等到朝中大臣都换上中原服饰，满座都是穿红衣的人，只有元丕还穿着胡服坐在中间，后来才勉强戴上帽子、系上腰带，却还是不注重仪表，孝文帝也不勉强他。
太子元恂从平城将要迁到洛阳时，元隆和穆泰等人密谋留住元恂，趁机起兵封锁关口，谋划占据陉北地区。元丕在并州，元隆等人把密谋告诉了他。元丕表面上担心事情不成，嘴上虽然反对，心里却很赞同。等到事情败露，元丕跟随孝文帝到平城，孝文帝每次审问穆泰等人，常常让元丕在一旁观看。有关部门上奏说元业、元隆、元超罪该灭族，元丕应该连坐。孝文帝因为之前曾下诏答应赦免元丕死罪，所以免他一死，贬为平民，留下他的后妻和两个儿子，让他们和元丕一起住在太原，杀了元隆、元超以及他们的同母弟弟元乙升，其他儿子流放到敦煌。起初，元丕、陆睿和仆射李冲、领军于烈都曾得到孝文帝“免死”的诏书。陆睿被处死後，孝文帝赐给李冲、于烈的诏书说：“陆睿有谋反之心，这是他自己对不起天地；违背誓言的是他，和我无关。谋反的罪行和其他罪过不同，即使我想宽恕，又怎么能做到呢！但我还是没忘记之前的誓言，让他在监狱里自杀，免去他家人被处死的刑罚。元丕的两个儿子、一个弟弟，带头谋反，连坐本该处死，我特意赦免他们为平民。我本来希望和他们善始善终，他们却自己放弃，违背我的心意，多么可悲啊！所以特意告知你们，希望你们不要觉得奇怪。除了谋反，我对你们的态度就像白天一样光明磊落。”李冲、于烈都上奏表感谢。
司马光评论说：爵位的升降、官员的任免、生杀赏罚，是君主驾驭大臣的重要权力。所以古代帝王的制度是，即使是亲信、故旧、贤才、能臣、功臣、贵族、勤勉之人、宾客，如果犯了罪，也不会直接赦免，一定会在朝堂上商议，该赦免就赦免，该宽恕就宽恕，该判刑就判刑，该处死就处死。量刑轻重根据情节，宽严程度顺应时势。这样君主既能施恩又不失威严，大臣能免罪却不敢自恃有功。到了北魏却不是这样，对有功权贵的大臣，常常预先许诺免死；让他们因骄纵而犯罪，之后又杀了他们。这是用不守信的命令引诱他们陷入死地啊。刑政的失误，没有比这更严重的了！
当时，代都的旧贵族大多和穆泰等人勾结谋反，只有于烈一族没有参与，孝文帝因此更加看重他。孝文帝因为北方部落酋长和他们送来做人质的儿子害怕炎热，允许他们秋天到洛阳朝见，春天回到部落，当时人把他们称为“雁臣”（像大雁一样季节性迁徙）。
三月己酉日，孝文帝向南到达离石。反叛的胡人请求投降，孝文帝下诏赦免他们。
夏季四月庚申日，孝文帝到达龙门，派人祭祀夏禹。癸亥日，到达蒲阪，祭祀虞舜。辛未日，到达长安。
北魏废太子元恂被废后，渐渐后悔自己的行为。御史中尉李彪秘密上奏，说元恂又和手下人谋划谋反，孝文帝派中书侍郎邢蛮和咸阳王元禧，带着诏书和毒酒前往河阳，赐元恂死。用粗劣的棺材、普通的衣服装殓元恂，埋葬在河阳。
癸未日，北魏大将军宋明王刘昶在彭城去世，孝文帝追赠他九锡之礼，用特殊的礼仪安葬他。
五月己丑日，孝文帝向东返回，乘船从渭河进入黄河。壬辰日，派人在车邑祭祀周文王，在镐京祭祀周武王。六月庚申日，孝文帝回到洛阳。
壬戌日，北魏征调冀州、定州、瀛州、相州、济州五州的二十万兵马，准备入侵南齐。
北魏穆泰谋反时，中书监魏郡公穆罴曾与他串通谋划，赦免后事情败露，穆罴被削去官爵，贬为平民。穆罴的弟弟司空穆亮把府中事务交给司马慕容契，上奏表弹劾自己，孝文帝下优抚诏书不允许他辞职；穆亮坚持请求，癸亥日，孝文帝才同意他退位。
丁卯日，北魏把军队分为六部分，确定哪些随军出征、哪些留守。
秋季七月甲午日，北魏立昭仪冯氏为皇后。冯皇后想以母亲的身份抚养太子元恪；元恪的生母高氏从代都前往洛阳，在共县突然去世。
戊辰日，北魏任命穆亮为征北大将军、开府仪同三司、冀州刺史。
八月丙辰日，北魏下诏朝廷内外进入戒严状态。
壬戌日，北魏立皇子元愉为京兆王，元怿为清河王，元怀为广平王。
南齐明帝追尊景皇（明帝父亲萧道生）的生母王氏为恭太后。甲戌日，北魏在华林园讲习武事；庚辰日，大军从洛阳出发。孝文帝让吏部尚书任城王元澄留守洛阳；任命御史中丞李彪兼任度支尚书，和仆射李冲一起掌管留守朝廷的事务。授给彭城王元勰“中军大将军”的头衔，元勰推辞说：“亲近的人和疏远的人都能任用，是自古以来的治国之道。我是什么人，能频繁得到这样的宠信任命！过去陈思王曹植请求官职却没被允许，我没请求却得到任命，境遇的好坏差别多么大啊！”孝文帝大笑，握住元勰的手说：“曹操的两个儿子（曹丕、曹植）因才华名声互相猜忌，我和你却因道德品行彼此亲近。”
南齐明帝派军主、直阁将军胡松协助北襄城太守成公期驻守赭阳，派军主鲍举协助西汝南、北义阳二郡太守黄瑶起驻守舞阴。
北魏任命氐族首领杨灵珍为南梁州刺史。杨灵珍率领全州向南齐投降，把母亲和儿子送到南郑做人质，派弟弟婆罗阿卜珍率领一万多步兵、骑兵袭击北魏武兴王杨集始，杀了杨集始的两个弟弟杨集同、杨集众；杨集始处境危急，请求投降北魏。九月丁酉日，孝文帝任命河南尹李崇为都督陇右诸军事，率领几万兵马讨伐杨灵珍。
起初，北魏迁都洛阳时，荆州刺史薛真度劝孝文帝先攻取樊城、邓城。薛真度领兵入侵南阳，被太守房伯玉击败。孝文帝大怒，认为南阳只是个小郡，却立志一定要攻克它，于是领兵向襄阳进军；彭城王元勰等三十六支部队前后相连，兵力号称一百万，士兵的呼喝声震动大地。辛丑日，孝文帝留下众将攻打赭阳，自己领兵南下；癸卯日，到达宛城，连夜袭击外城，攻克了它。房伯玉据守内城抵抗。孝文帝派中书舍人孙延景对房伯玉说：“我现在要统一全国，不像过去那样冬天来春天走。不攻克城池，绝不会回北方。你这座城挡在我大军前进的路上，不能不先攻取；攻下来慢则一年，快则一个月。封侯还是被杀，就在眼前，你好好考虑！而且你有三条罪状，现在让你知道：你过去侍奉齐武帝，受到非同寻常的宠信，却不能尽忠效死，反而向他的仇人（指明帝）效忠，这是第一条罪；前些年薛真度来进攻，你打伤了我的偏师，这是第二条罪；现在我亲自率军前来，你不捆绑自己到我军阵前投降，这是第三条罪。”房伯玉派军副乐稚柔回应说：“承蒙你要围攻宛城，立志一定要攻克。我是地位低微的普通人，能抵抗你的大军，真可以说是死得其所！我承蒙齐武帝提拔，怎敢忘恩！但继位的君主（指郁林王）丧失德行，当今皇上（指明帝）继承大业，不仅符合亿万百姓的深切期望，也延续了齐武帝的遗愿；所以我尽心尽节，不敢有丝毫懈怠。过去你们北魏军队深入我国，侵扰边境百姓，我就激励将士坚守职责。反过来说，这不应该受到指责。”
宛城东南角的水沟上有座桥，孝文帝领兵过桥。房伯玉派几名勇士，穿着彩色衣服，戴着虎头帽，埋伏在桥洞下，突然冲出来袭击，孝文帝的人马都受惊混乱；孝文帝召来擅长射箭的原灵度射箭，勇士中箭而死，孝文帝才得以脱险。
李崇劈山开路，兵分几路，出其不意地进攻氐族军队，内外夹击；氐族部众都抛弃杨灵珍四散逃回。杨灵珍的兵力减少了一大半，李崇进军占据赤土。杨灵珍派堂弟杨建率领五千人驻守龙门，自己率领一万精锐勇士驻守鹫硖；在龙门以北几十里的路上，砍伐树木堵塞道路；在鹫硖的山口，堆积大圆木和礌石，靠近悬崖朝下摆放，用来抵抗北魏军队。李崇命令统军慕容拒率领五千人从其他道路连夜袭击龙门，攻克了它。李崇亲自攻打鹫硖，杨灵珍接连战败逃跑；李崇俘获了杨灵珍的妻子儿女，于是攻克武兴。南齐梁州刺史阴广宗、参军郑猷等人领兵救援杨灵珍；李崇迎击，大败南齐军队，杀了杨婆罗阿卜珍，活捉郑猷等人；杨灵珍逃回汉中。孝文帝听说后，高兴地说：“让我没有西顾之忧的人，就是李崇啊。”任命李崇为都督梁、秦二州诸军事、梁州刺史，安抚当地百姓。
丁未日，孝文帝从南阳出发，留下太尉咸阳王元禧等人继续攻打南阳。己酉日，孝文帝到达新野，新野太守刘思忌据城抵抗。冬季十月丁巳日，北魏军队攻打新野，没能攻克，就修筑长墙包围它，派人对城中说：“房伯玉已经投降，你们为什么还要独自承受城破人亡的后果！”刘思忌派人回应说：“城中的兵力和粮食还很充足，没时间听你们这些小贼说话！”北魏右军府长史韩显宗率领另一支部队驻守赭阳，成公期派胡松率领蛮人军队攻打韩显宗的营寨，韩显宗奋力作战击败了他们，杀了南齐的副将高法援。韩显宗到达新野，孝文帝对他说：“你打败敌军、斩杀敌将，大大增强了我军气势。我正在攻打坚固的城池，你为什么不写捷报公布战绩？”韩显宗回答：“近来听说镇南将军王肃俘获了两三个敌人、几匹驴马，都写了捷报；我在宫中任职时，私下常常嘲笑这种做法。最近我虽然依靠陛下的神威，打败了丑恶的敌人，但兵力薄弱，擒获斩杀的敌人不多。如果再大肆宣扬，夸大功劳，效仿王肃的做法，罪过就更大了。我之所以不写捷报，只是向陛下汇报战况罢了。”孝文帝更加认为他贤明。
南齐明帝下诏让徐州刺史裴叔业领兵救援雍州。裴叔业上奏说：“北方人不喜欢长途行军，只喜欢抢劫掠夺。如果我们入侵北魏边境，那么攻打司州、雍州的北魏军队自然会分兵救援。”明帝采纳了他的建议。裴叔业领兵攻打虹城，俘获四千多男女百姓。
甲戌日，明帝派太子中庶子萧衍、右军司马张稷救援雍州。十一月甲午日，南齐前军将军韩秀方等十五名将领向北魏投降。丁酉日，北魏在沔水北岸击败南齐军队，将军王伏保等人被北魏俘获。
丙辰日，南齐任命杨灵珍为北秦州刺史、仇池公、武都王。
新野人张率领一万多家百姓占据营寨抵抗北魏军队。十二月庚申日，北魏军队攻克营寨。雍州刺史曹虎和房伯玉不和，所以故意延缓救援，把军队驻扎在樊城。
丁丑日，明帝下诏派度支尚书崔慧景救援雍州，授予崔慧景符节，率领两万步兵、一千骑兵前往襄阳，雍州的各路军队都受他指挥。
庚午日，孝文帝向南到达沔水岸边；戊寅日，回到新野。
南齐将军王昙纷率领一万多人攻打北魏南青州的黄郭戍，北魏戍主崔僧渊击败了他们，南齐军队全军覆没。将军鲁康祚、赵公政率领一万人入侵北魏太仓口，北魏豫州刺史王肃派长史清河人傅永率领三千士兵迎击。鲁康祚等人在淮河以南驻军，傅永在淮河以北驻军，两军相距十多里。傅永说：“南方人喜欢夜间偷袭营寨，一定会在渡淮河的地方点火标记水浅的位置。”于是连夜把士兵分成两队，埋伏在营寨外；又用葫芦装上火种，秘密派人渡过淮河到达南岸，在水深的地方放置，告诫说：“看到北岸点火，你们就跟着点火。”当天夜里，鲁康祚等人果然领兵偷袭傅永的营寨；北魏埋伏的士兵两面夹击。鲁康祚等人逃向淮河，这时南北两岸的火都烧了起来，他们不知道该从哪里渡河，被淹死和斩杀的有几千人，赵公政被活捉，傅永还缴获了鲁康祚的尸体带回。南齐豫州刺史裴叔业入侵北魏楚王戍，王肃又派傅永迎击。傅永率领一名心腹飞马赶到楚王戍，命令士兵填平城外的壕沟，连夜在城外埋伏一千名士兵。天亮后裴叔业等人到达城东，部署士兵准备修筑长墙包围戍城。傅永的伏兵袭击裴叔业的后军，击败了他们。裴叔业留下将领守卫营寨，自己率领几千精锐士兵救援后军。傅永登上城楼，看到裴叔业向南走了几里路，就打开城门奋力出击，大败南齐军队，缴获裴叔业的伞盖、扇子、战鼓、帐篷和铠甲兵器一万多件。裴叔业进退两难，于是逃走。傅永身边的人想追击，傅永说：“我的士兵不到三千人，对方的精锐部队还很强大，他们不是因为兵力不足而失败，而是中了我的计策。他们已经摸不清我们的虚实，这就足够让他们吓破胆了。俘获这些物资就够了，何必再追击！”孝文帝派谒者到前线任命傅永为安远将军、汝南太守，封为贝丘县男。傅永勇猛有力，爱好学习且擅长写文章。孝文帝常感叹说：“上马能击退敌人，下马能写捷报，只有傅修期（傅永字修期）能做到啊！”
南齐曲江公萧遥欣喜好军事，明帝因为自己的儿子们还年幼，在内亲中依靠萧遥欣兄弟，在外亲中依靠皇后的弟弟西中郎长史彭城人刘暄、自己的内弟太子詹事江祏。所以任命始安王萧遥光为扬州刺史，在朝中掌权；任命萧遥欣为都督荆、雍等七州诸军事、荆州刺史，镇守西部边境。但萧遥欣在江陵，招揽了很多有才能、勇猛的人，极力扩充自己的势力，明帝对此非常厌恶。萧遥欣轻视南郡太守刘季连，刘季连秘密上奏说萧遥欣有谋反的迹象；明帝于是任命刘季连为益州刺史，让他占据萧遥欣上游的位置来牵制萧遥欣。刘季连是刘思考的儿子。
这一年，高昌王马儒派司马王体玄向北魏进贡，请求北魏派兵迎接，计划率领全国百姓迁到北魏境内；孝文帝派明威将军韩安保前去迎接，并划出伊吾五百里土地给马儒的部众居住。马儒派左长史顾礼、右长史金城人麴嘉率领一千五百步兵、骑兵迎接韩安保，但韩安保没到；顾礼、麴嘉返回高昌，韩安保也回到伊吾。韩安保派下属朝兴安等人出使高昌，马儒又派顾礼带领世子马义舒迎接韩安保，到达白棘城，这里距离高昌一百六十里。高昌老臣留恋故土，不愿向东迁徙，一起杀了马儒，拥立麴嘉为高昌王，再次向柔然称臣。韩安保只带着顾礼、马义舒返回洛阳。
永泰元年（公元498年）戊寅年。
春季正月癸未日初一，南齐实行大赦。
明帝加授中军将军徐孝嗣为开府仪同三司，徐孝嗣坚决推辞。
北魏将领李佐攻打新野，丁亥日，攻克新野，活捉刘思忌，问他：“现在想投降吗？”刘思忌说：“我宁可做南方的鬼，也不做北方的臣！”李佐于是杀了他。从此沔水北岸地区大为震动。戊子日，湖阳戍主蔡道福，辛卯日，赭阳戍主成公期，壬辰日，舞阴戍主黄瑶起、南乡太守席谦，相继向南逃跑。黄瑶起被北魏军队俘获，孝文帝把他赐给王肃，王肃把他切成小块吃了。乙巳日，明帝命令太尉陈显达救援雍州。
明帝身患疾病，因为近亲势单力薄，猜忌高帝、武帝的子孙。当时高帝、武帝的子孙还有十位藩王，每次初一、十五入朝，明帝回到后宫就叹息说：“我和司徒（萧子良）的儿子们都年幼，高帝、武帝的子孙却越来越大了！”明帝想把高帝、武帝的家族全部除掉，就用含蓄的话问陈显达，陈显达回答：“这些人不值得担忧！”又问扬州刺史始安王萧遥光，萧遥光认为应当按顺序逐步除掉。萧遥光有脚病，明帝常让他乘车从望贤门入宫。每次萧遥光和明帝屏退旁人长时间交谈后，明帝就索要香火，呜咽流泪，第二天必定会有人被诛杀。恰逢明帝病情突然加重，昏死后又苏醒过来，萧遥光于是实施了诛杀计划。丁未日，明帝派人杀了河东王萧铉、临贺王萧子岳、西阳王萧子文、永阳王萧子峻、南康王萧子琳、衡阳王萧子珉、湘东王萧子建、南郡王萧子夏、桂阳王萧昭粲、巴陵王萧昭秀，从此太祖（萧道成）、世祖（萧赜）和世宗（萧长懋）的子孙全被杀害。萧铉等人死后，明帝才让公卿大臣上奏他们的罪状，请求诛杀他们，明帝下诏不允许；大臣们再次上奏，然后才批准。南康王的侍读济阳人江泌为萧子琳痛哭，眼泪流干后，接着流出鲜血；他亲自看着萧子琳的遗体殡葬完毕，才离开。
庚戌日，孝文帝前往南阳。二月癸丑日，明帝下诏派左卫将军萧惠休等人救援寿阳。甲子日，北魏军队攻克宛城北城，房伯玉反绑双手出城投降。房伯玉的堂弟房思安是北魏的中统军，多次为房伯玉哭着求情，孝文帝才赦免了房伯玉。庚午日，孝文帝前往新野。辛巳日，任命彭城王元勰为使持节、都督南征诸军事、中军大将军、开府仪同三司。三月壬午日初一，崔慧景、萧衍在邓城被北魏军队打得大败。当时崔慧景到达襄阳时，南阳五郡已经沦陷，崔慧景和萧衍以及军主刘山阳、傅法宪等人率领五千多人进军邓城，北魏几万骑兵突然赶到，南齐各路军队登上城墙抵抗防守。当时将士们没吃饱就轻装行军，都面带饥饿恐惧的神色。萧衍想出战，崔慧景说：“胡虏不会在夜间包围城池，等天黑后自然会撤离。”不久北魏军队越来越多。崔慧景从南门率领军队撤离，其他军队不知道情况，也相继逃跑。北魏军队从北门进城，刘山阳和几百名部下断后死战，一边作战一边撤退。崔慧景的军队经过闹沟时，士兵互相踩踏，桥梁都被踩断。北魏军队在路边两侧射箭，杀了傅法宪，士兵跳进沟里淹死的尸体堆积如山，刘山阳拿铠甲兵器填满沟壑，踩着过去，才得以逃脱。孝文帝率领大军追击，傍晚时分到达沔水岸边。刘山阳占据城池苦战，到天黑时，北魏军队才撤退。南齐各路军队十分恐惧，当天夜里，都乘船返回襄阳。
庚寅日，孝文帝率领十万大军，仪仗华美，包围樊城，曹虎关闭城门坚守。孝文帝来到沔水岸边，眺望襄阳城，然后离开，前往湖阳；辛亥日，到达悬瓠。
北魏镇南将军王肃攻打义阳，裴叔业率领五万军队包围涡阳来救援义阳。北魏南兖州刺史济北人孟表驻守涡阳，粮食耗尽，只能吃草木的皮和叶子。裴叔业把杀死的北魏士兵的尸体堆积到五丈高，让城内的人看到；另外派军主萧瓂等人攻打龙亢，北魏广陵王元羽率军救援龙亢。裴叔业领兵进攻元羽，大败元羽，追击并缴获了他的符节。孝文帝派安远将军傅永、征虏将军刘藻、代理辅国将军高聪等人救援涡阳，都受王肃指挥。裴叔业迎击，大败北魏军队，高聪逃到悬瓠，傅永收集溃散的士兵缓慢返回。裴叔业再次出战，共斩杀北魏士兵一万人，俘虏三千多人，缴获的器械、牲畜和财物数以千万计。孝文帝下令把三位将领押到悬瓠。刘藻、高聪被免死，流放到平州；傅永被削去官职爵位；王肃被降为平南将军。王肃上奏请求再派军队救援涡阳，孝文帝回复说：“看你的意思，一定是因为刘藻等人刚战败，所以难以再派兵前往。我现在少分兵则不足以制服敌人，多分兵则皇宫警卫力量不足，你仔细考虑。义阳能守住就守住，该放弃就放弃；如果丢了涡阳，就是你的过错！”王肃于是解除对义阳的包围，和统军杨大眼、奚康生等人率领十几万步兵、骑兵救援涡阳。裴叔业看到北魏军队势力强盛，连夜率领军队撤退；第二天，士兵四散溃逃，北魏军队追击，杀死和打伤的南齐士兵数不胜数。裴叔业返回后据守涡口。
起初，北魏中尉李彪，家世贫寒低微，在朝廷中没有亲友援助；最初游历代都时，因为清渊文穆公李冲喜好贤士，就全心归附李冲。李冲也看重他的才华学识，对他礼遇优厚，把他推荐给孝文帝，还在朝廷上为他宣扬名声，无论公事私事都提拔他。等到李彪担任中尉后，弹劾官员时不回避皇亲国戚，孝文帝认为他贤明，把他比作西汉的汲黯。李彪自认为得到君主的赏识，不再依靠李冲，渐渐疏远李冲，只在公共场合略表敬意，不再有尊重的态度，李冲渐渐对他心怀不满。
等到孝文帝向南征伐，李彪和李冲、任城王元澄共同掌管留守事务。李彪性格刚直豪放，意见常常和其他人不同，多次和李冲争辩，情绪激动时声色俱厉；他自认为是执法官员，别人不能弹劾自己，处理事务时常独断专行。李冲忍无可忍，于是收集李彪过去的过错，把李彪软禁在尚书省，上奏弹劾李彪：“李彪傲慢无礼，行为放肆越轨，在宫中乘坐车马，私自占用官府财物，还擅自乘坐皇帝专用的黄盖车，毫无畏惧。我已召集尚书以下、令史以上的官员到尚书省大厅，把李彪的罪状告知他，审问真假，李彪都认罪。请求根据这些事实免去李彪的官职，交给廷尉治罪。”李冲又上奏说：“我和李彪相识以来，已有二十年。起初见他才华出众、学识渊博，议论刚正，我真心认为他是出类拔萃、公正清廉的人。后来渐渐发现他为人苛刻急躁，仍认为他优点多于缺点。自从陛下南征以来，李彪兼任尚书，我们日夜共事，才知道他独断专行、毫无顾忌，抬高自己、轻视他人；听他的话好像是自古以来忠诚宽厚的贤士，考察他的行为却实际是天下奸诈凶暴的恶人。我和任城王弯腰低头、委屈自己，就像温顺的弟弟侍奉凶暴的兄长，他想要做的事，即使不合情理，我们也无不顺从。根据事实核查，都有证据。如果我的奏报属实，应当把李彪流放到北方荒野，以清除扰乱朝政的奸臣；如果我所列举的没有证据，应当把我流放到四方边远之地，以平息谗言诽谤。”这份奏表是李冲亲手写的，家人都不知道。
孝文帝看了李冲的奏表，叹息惆怅了很久，说：“没想到留守朝廷竟然出了这种事！”接着又说：“李彪（字道固）确实是太过分了，但仆射（李冲）也有些意气用事。”黄门侍郎宋弁向来怨恨李冲，又和李彪是同州同乡，关系要好，就暗中为李彪说情。有关部门判处李彪死刑，孝文帝赦免了他，只削去官职爵位，贬为平民。
李冲向来性格温和宽厚，可在逮捕李彪时，却亲自列举李彪过去的过失，瞪着眼睛大喊，还摔砸桌案，连御史都吓得磕头求饶、自绑请罪。李冲又开口辱骂李彪，随后突发心慌病，说话颠三倒四，时常捶胸顿足大骂，喊着“李彪小人”，医药都无法医治，有人认为是肝气破裂，十多天后就去世了。孝文帝为他痛哭，悲伤得不能自已，追赠他为司空。
李冲工作勤勉、思维敏捷、精力充沛，长期担任重要繁忙的职务，公文案卷堆积如山，他整天处理事务，从不懈怠，政务都处理得很好，才四十岁头发就白了。他有六个兄弟，分别出自四位母亲，年少时兄弟间常常争吵。等到李冲显贵后，把俸禄赏赐都和兄弟们共享，兄弟关系变得和睦。但他常常提拔宗族姻亲，私下授予官职爵位，家族一年的俸禄就有一万多匹绢布，当时人因此看不起他。
孝文帝任命彭城王元勰为宗师，下诏让他监督宗室子弟，有不遵守教化的就上报。
夏季四月甲寅日，南齐改年号为永泰。
大司马、会稽太守王敬则，自认为是高帝、武帝时期的旧将，在明帝朝必定难以自安。明帝虽然表面上对他礼遇优厚，内心却对他猜忌防备，多次派人询问王敬则的饮食情况和身体状况。后来听说王敬则年老体衰，而且驻守在内地，才稍微放宽了些心。两年前，明帝派领军将军萧坦之率领五百名宫中侍卫前往武进陵（高帝、武帝陵墓），王敬则在京城的儿子们都担忧恐惧，无计可施。明帝知道后，派王敬则的长子王仲雄入朝安慰他们。
王仲雄擅长弹琴，明帝把蔡邕制作的焦尾琴借给他。王仲雄在明帝面前弹琴时，弹了一首《懊憹歌》，唱道：“常叹负情侬，郎今果行许。”（常感叹你是负心人，如今果然这样做）又唱：“君行不净心，那得晋人题！”（你行事不诚心，怎能得到贤人的认可）明帝听后更加猜忌和愧疚。
明帝病情多次危急，于是任命光禄大夫张瑰为平东将军、吴郡太守，配备军队和属官，暗中防备王敬则。朝廷内外传言，明帝将会对王敬则采取特别措施。王敬则听说后，私下说：“东边现在派谁来，不过是想毒死我罢了；东边（指吴郡）又哪那么容易平定！我终究不会喝下那杯毒酒！”金罂，指装鸩酒的容器。
王敬则的女儿是徐州行事谢杋的妻子，王敬则的儿子、太子洗马王幼隆派正员将军徐岳把谋反的打算告诉谢杋：“如果愿意一起谋划，就派人回报我父亲。”谢杋抓住徐岳，快马奏报明帝。王敬则的城局参军徐庶，家在京口。他的儿子秘密把消息告诉徐庶，徐庶又告诉了王敬则的五官掾王公林。王公林是王敬则的族侄，一直受到信任。王公林劝王敬则赶紧上奏明帝，主动请求处死儿子，然后独自乘船连夜返回京城谢罪。王敬则让司马张思祖起草奏表，过了一会儿又说：“如果这样做，几个儿子在京城，总该有消息传来，暂且再忍一晚。”
当天夜里，王敬则召集下属文武官员玩樗蒲（一种赌博游戏），对众人说：“你们大家想让我做什么决定？”没人敢先回答。防阁丁兴怀说：“大人应该起兵反抗！”王敬则没有回应。第二天清晨，王敬则召见山阴县令王询、台传御史钟离祖愿，他横刀斜坐，问王询等人：“能征调多少壮丁？府库里现在有多少财物？”王询说“县里的壮丁仓促间无法召集”；钟离祖愿说“府库的财物大多还没征收进来”。王敬则大怒，要把他们拉出去斩首，王公林又劝谏说：“任何事都可以后悔，只有起兵这件事不能后悔；大人难道不再考虑考虑！”王敬则朝他脸上吐唾沫，说：“我做事，跟你这小子有什么关系！”丁卯日，王敬则起兵谋反，召集部众，分发武器铠甲，两三天内就出兵了。
前中书令何胤，辞官后隐居在若邪山，王敬则想劫持他担任尚书令。长史王弄璋等人劝谏说：“何胤品行高洁，必定不会顺从；他不顺从，就该杀了他。起兵大事先杀有名望的贤人，事情肯定不会成功。”王敬则才放弃这个想法。何胤是何尚之的孙子。
庚午日，北魏征调各州郡士兵二十万人，约定八月中旬在悬瓠集结。
北魏赵郡灵王元干去世。
明帝听说王敬则谋反，逮捕了王幼隆和他的哥哥、员外郎王世雄，记室参军王季哲，弟弟、太子舍人王少安等人，全部处死。王敬则的长子、黄门郎王元迁率领一千人在徐州攻打北魏，明帝下令让徐州刺史徐玄庆杀了他。前吴郡太守、南康王萧子恪，是萧嶷的儿子，王敬则起兵时，以拥立萧子恪为名义；萧子恪逃走，没人知道他的去向。始安王萧遥光劝明帝把高帝、武帝的子孙全部杀掉，于是明帝把所有王侯都召进宫中。晋安王萧宝义、江陵公萧宝览等人被安置在中书省，高帝、武帝的孙子们被安置在西省，明帝下令每个王侯身边只能留两名侍从，超过这个数就按军法处置；年幼的王侯连同乳母一起入宫。当天夜里，明帝让太医煮了两斛花椒（花椒有毒，可用于毒杀），让都水官准备几十具棺材，计划三更时分，把王侯们全部杀掉。萧子恪光着脚自己回来，二更时分到达建阳门，递上弹劾自己的奏表。约定的时间已到，但明帝睡着了没醒，中书舍人沈徽孚和明帝的亲信侍从单景隽一起商量，暂且拖延这件事。不久，明帝醒来，单景隽上奏说萧子恪已经回来。明帝惊讶地问：“还没杀吗？还没杀吗？”单景隽把情况详细汇报。明帝拍着床说：“萧遥光差点坏了我的事！”于是赏赐王侯们食物，第二天，把他们全部送回府第。任命萧子恪为太子中庶子。萧宝览是萧缅的儿子。
王敬则率领一万名装备精良的士兵渡过浙江。张瑰派三千士兵在松江抵抗王敬则，士兵们听到王敬则军队的鼓声，一下子就溃散逃跑了，张瑰放弃吴郡，逃到民间躲藏。王敬则以老将军的身份起兵，百姓们扛着竹竿、拿着锄头，跟随他的人有十几万；到达晋陵时，南沙人范修化杀了县令公上延孙，响应王敬则。王敬则到达武进陵口，痛哭着祭拜完高帝、武帝的陵墓后继续前进。乌程人丘仲孚担任曲阿县令，王敬则的前锋突然到达，丘仲孚对官吏百姓说：“叛军虽然乘胜而来，气势锐利，但都是乌合之众，容易离散。现在如果收集船只，挖开长冈埭，放干沟渠里的水来阻断他们的道路，能拖延几天，朝廷的军队必定会赶到，这样一来，大事就能成功了。”王敬则的军队到达时，恰逢沟渠干涸，果然被困住无法前进。
五月壬午日，明帝下诏派前军司马左兴盛、后军将军崔恭祖、辅国将军刘山阳、龙骧将军、马军主胡松在曲阿长冈修筑营垒；任命右仆射沈文季为持节都督，驻守湖头，防备京口方向的道路。崔恭祖是崔慧景的族人。王敬则猛攻左兴盛、刘山阳的两座营垒，朝廷军队抵挡不住，想撤退，但包围无法解开，士兵们只能拼死作战。胡松率领骑兵从叛军后方突袭，叛军里的平民没有武器，都惊慌溃散。王敬则的军队大败，他想找马再上阵，却找不到，崔恭祖用矛把他刺倒在地，左兴盛的部下袁文旷斩了王敬则。乙酉日，王敬则的首级被送到建康。当时明帝病情已经很重，王敬则仓促从东边起兵，朝廷上下震惊恐惧。太子萧宝卷让人爬上屋顶，看到征虏亭失火，以为是王敬则来了，急忙收拾行装想逃跑。王敬则听说后，高兴地说：“檀公三十六策，走为上策，我看你们父子也只能逃跑了！”这是当时人讥讽檀道济躲避北魏的话。王敬则起兵时，声势很大，却只几天就失败了。
朝廷军队讨伐王敬则的党羽时，晋陵地区因依附王敬则而应被处死的百姓很多。太守王瞻上奏说：“愚昧的百姓容易被煽动，不值得用严厉的刑法穷追猛治。”明帝批准了他的奏请，因此保全性命的百姓数以万计。王瞻是王弘之的侄孙。
明帝奖赏谢杋的功劳，升任他为尚书吏部郎。谢杋上奏表三次推辞，明帝不允许。中书省的官员疑惑谢杋的官职还没到需要推辞的级别，国子祭酒沈约说：“近代以来，小官推辞的情况很少，已经成了常规。谢吏部这次被破格提拔，他的推辞另有深意。推辞体现的是人情态度，难道和官职大小有关吗！”谢杋的妻子常常随身藏着刀，想杀谢杋，谢杋不敢和她见面。
秋季七月，北魏彭城王元勰上奏，请求把自己一年的封国赋税、官职俸禄和亲友抚恤费用，全部资助军国开支。孝文帝下诏说：“牺牲自身利益保全国家，这是深远的大义。你的官职俸禄就暂停发放，封国赋税和亲友抚恤费用允许你留下三分之一自用。”壬午日，孝文帝又下诏，削减皇后私人府库财物的一半，六宫妃嫔、五服以内亲属的供养费用也减半，军中人员的供给减少三分之一，用节省下来的财物赏赐军队。
癸卯日，南齐任命太子中庶子萧衍为雍州刺史。
己酉日，明帝在正福殿去世。遗诏规定：“徐孝嗣可重申之前的任命（指开府仪同三司）。沈文季可任左仆射，江祏可任右仆射，江祀可任侍中，刘暄可任卫尉。军政事务可委托太尉陈显达；朝廷内外各种事务，无论大小都委托徐孝嗣、萧遥光、萧坦之、江祏处理，重大事务要和沈文季、江祀、刘暄共同商议。心腹重任可委托刘悛、萧惠休、崔慧景。”
明帝性格猜忌多疑，很少外出，始终没举行过郊天祭典。他还深信巫师，每次外出前都要占卜吉凶，想往东去却对外说往西，想往南去却对外说往北。起初生病时，他把消息封锁得很严，依然处理朝政。过了很久，他下令在台省的文书档案中寻找“白鱼”（一种祥瑞之物，也可入药）治病，外界才知道他生病。
太子萧宝卷即位。
八月辛亥日，北魏太子元恪从洛阳前往悬瓠朝见孝文帝。
壬子日，南齐奉朝请邓学献出齐兴郡，向北魏投降。
孝文帝入侵南齐时，派人征调高车部落的士兵。高车人害怕远征，拥戴袁纥树者为首领，一起向北叛乱。孝文帝派征北将军宇文福讨伐，宇文福大败而回，被革去官职。孝文帝又任命平北将军江阳王元继为都督北讨诸军事，率军讨伐高车，规定从怀朔镇以东的地区都受元继指挥，同时让他代理镇守平城。元继是元熙的曾孙。
八月，南齐将明帝安葬在兴安陵，庙号为高宗。东昏侯（萧宝卷）厌恶明帝的灵柩停放在太极殿，想尽快下葬。徐孝嗣坚决反对，才得以停放一个多月。东昏侯每次该哭灵时，总说喉咙痛。太中大夫羊阐入宫哭灵，他没有头发，哭号时身体前俯后仰，头巾掉到地上。东昏侯停止哭泣，大笑起来，对身边人说：“秃鹫来哭了吗！”
九月己亥日，孝文帝听说南齐高宗（明帝）去世，下诏称“按礼仪不应讨伐有丧事的国家”，率军返回北方。庚子日，孝文帝又下诏，命军队北伐高车。
孝文帝病重，十天没接见大臣，身边只有彭城王元勰等几个人。元勰在内亲自照料孝文帝的医药，在外总管军国事务，朝廷内外秩序井然，没人有异议。右军将军丹阳人徐謇擅长医术，当时在洛阳，孝文帝紧急召他前来。徐謇到后，元勰哭着握住他的手说：“你如果能治好陛下的病，会得到意外的赏赐；如果治不好，会有不可预测的杀身之祸。这不仅关系到你的荣辱，还关系到陛下的生死。”元勰又秘密在汝水岸边筑坛，依照周公（愿代武王死）的旧例，向天地和显祖（拓跋弘）祷告，请求用自己的性命代替孝文帝。孝文帝的病情稍有好转，丙午日，从悬瓠出发，在汝水岸边停留，召集百官，让徐謇坐在上座，称赞他的功劳，任命他为鸿胪卿，封为金乡县伯，赏赐一万缗钱；各藩王也分别赏赐徐謇，每人不少于一千匹绢布。
冬季十一月辛巳日，孝文帝前往邺城。
戊子日，东昏侯立妃子褚氏为皇后。
北魏江阳王元继上奏说：“高车人愚昧固执，为逃避劳役而叛乱，如果把他们全部追捕诛杀，恐怕会引发更大的混乱。请派使者到各军镇分别核查，只杀为首叛乱的一人，其余的人加以安抚。如果有人悔悟愿意服役，就下令让他们赶赴军营。”孝文帝下诏批准。于是叛乱的高车人大多主动归附。元继先派人安抚劝说袁纥树者，袁纥树者逃到柔然，不久又后悔，率领部众出来投降。孝文帝称赞元继说：“江阳王可以担当大任啊。”十二月甲寅日，孝文帝从邺城班师回洛阳。
林邑王范诸农前往南齐朝见，在海上遇到大风，溺水而死。南齐朝廷立他的儿子范文款为林邑王。