相较于其他几个岗位只是简单地对权限进行重新划分，并明确各自的职责。由都指挥使司更名为提督军务总兵官的各省提督这一变化，则可谓天翻地覆。想当初，都指挥使司身负整个省份军事管理的千钧重担，不仅要处理省内繁杂的军事事务，还需同时接受来自中央兵部以及五军都督府的双重领导与严密监管，其职能地位颇似现今社会中的省级军区。
然而，当这一机构改称为提督军务总兵官衙门后，却意味着朝廷将要大刀阔斧地改革沿袭已久的卫所制度。
遥想大明初立之际，全国范围内设立了多达四百余个卫所，卫所之兵士更是接近两百万人之众。可历经悠悠两百载岁月流逝至今，那份长长的名单之上究竟尚存几何人数？而实际上又真正有多少兵员呢？这些问题已然难以确切统计清楚。
值此国事艰危、急需用兵之际，如此众多无法确定的因素极有可能引发国家局势的动荡不安。正因如此，内阁经过深思熟虑提出相关建议，幸而得到皇帝颔首应允，决定将原有的卫所统统改名为屯田卫。
所谓“撤销卫所抽调兵员打仗的职能”，意思就是要彻底改变卫所一直以来承担的军事作战任务，让其仅仅专注于屯田这一事务。然而，朝廷在此方面并没有采取简单粗暴的一刀切政策，而是给予了各级武将和兵丁一定程度的自主选择权。他们面临着两个截然不同的抉择：其一，脱下世代相传的军装，全心全意投入农业生产；其二，放下手中的锄头，接受各省提督衙门严格的选拔程序，从此专心从事军事活动。
经过一番精心的拆撤与精简操作，并充分考量了各省的实际需求后，最终会组建起数量各异的新军队伍，以充当地方的守备力量。当然啦，在这整个改革过程当中，屯田亩数无疑成为一个极为敏感且备受关注的核心议题。毕竟，这直接关系到众多相关人员的切身利益以及地方经济的稳定发展。
不过话说回来，既然连皇族和勋贵这样强大的势力都能被朱由校顺利摆平，那么对于区区一些地方上的小势力又何足为惧呢？更何况，在完成对各省官员职能的重新调整之后，如果连这么点事情都无法妥善处理好，那可真是令人大失所望啊！如此一来，原本多余出来的那些官员恰好能够顺理成章地回归原位，接替现任者继续履行职责。这样不仅解决了地方管理的问题，同时也省去了中央政府绞尽脑汁去思考如何合理安置这些过剩官员的烦恼。
此次变革所引发的影响可谓深远，其中最为显着的一点便是使得中央能够对众多总兵官实施更为精细化的管理举措。一直以来，总兵官这一职位虽然地位颇高，但他们所能指挥调度的兵员数目却全然取决于所处地区的具体状况。兵员数量多的时候可达三五千人，而少的时候甚至仅有一两千人而已，这种差异巨大且极不稳定的兵力配置显然与实际作战需求严重脱节。毫不夸张地说，总兵官一职在某种程度上已然名不副实，同时也给兵部和五军都督府的日常管理工作造成诸多不便。
新设立的情报调查使这一职位同样引人瞩目。该职位源自于东缉私厂，也就是人们口中常言的东厂。起初，当这一职务即将设立的消息传出时，朝中百官纷纷表示坚决反对。毕竟，有谁会乐意自己的头顶之上凭空多出一个以太监身份行事的管事呢？然而，令人意想不到的是，没过多久，百官们便被朱由校成功说服了。
其缘由其实并不复杂，原来自英宗一朝起始，为了巩固自身皇权，皇帝曾向两京一十三道派遣过那些声名狼藉的镇守太监。这些可恶的死太监不仅完全不受地方政府的管束节制，而且手中还掌握着极为庞大的权力。由于权力过度膨胀且缺乏有效的监督制衡机制，其所带来的破坏性后果自然是不堪设想。
朱由校提议的设立情报调查使司，职责中监督地方官员这条是无需置疑的，谁也不敢反对，毕竟暗地里的锦衣卫校尉多如牛毛，谁知道你的丫鬟、小厮是不是厂卫安插到身边的？这些几乎都是公开化的东西，官员们只能是捏着鼻子认了。
而情报调查使司就是朱由校将东厂公开化的安排，也就是明着告诉你，这个机构就是皇帝将特务衙门明白的放在你身边。他的主要职责是侦查地方民臣的言行、逮捕和拷掠疑犯等。当然，这个逮捕和拷掠疑犯，只针对白莲教聚众起义，农民起义等特殊情况的出现，它才能施行这个权力。监察地方官员，只是其捎带的职责。
情报调查使是由东缉私厂直接委派的大太监，只接受东缉私厂管理，任何地方、中央机构都无权管理。包括其人员名单、数量都由东厂决定。其俸禄由内帑直接拨付，可以说在地方属于超然的地位。但是，这个机构无权干涉地方官员的施政，伸手就要被剁手。
这条也是朱由校严厉禁止的，他可不想出现东厂厂督被称为九千岁的情况发生。
那么此事由谁监管呢？自然是由未来朱由校秘密成立的内厂来进行监管。包括锦衣卫和后来成立的西缉事厂，都归于内厂监督。
朱由校将东厂的职能限制于对内，也是经过一番深思熟虑的。如今的锦衣卫几乎被朱由校拆分为了两块，一块负责辽东军事情报的收集，未来对于情报收集的范围还会继续扩大，包括蒙古草原、朝鲜、日本、东南亚乃至更远的欧罗巴、美洲、非洲等等。一块负责抓捕、审理朱由校不愿意让三司插手的案件，比如说这次的江南抗税案，这块是锦衣卫传统职能。而这部分传统职能，会被朱由校纳入到东厂，加强东厂的实力，和增加他的职能。
而未来新成立的西厂，将会从东厂、锦衣卫中抽调一些精干人员，加以培训，未来会被派遣到世界各地，主要的职责是渗透，调查世界各国的经济、民生、人口等情报工作。
也就是说，朱由校将东厂定位为国内调查局；将锦衣卫定位为军事情报局；将西厂定位为经济情报局。
而最后成立的内厂则是直接掌握在朱由校手中，不对任何人公开的一个特务机构。所以，他的所有情况都是严格保密的。
不过，这道新政是从天启二年开始执行，所以朝廷还是给了各地方五个月时间进行调度，时间虽然紧迫了一些，但对于加强中央集权这件事，内阁的热情显然是比皇帝更加急切的。