寒霜要塞的爆炸并未终结危机，南极冰层下的巨型卵囊开始孵化，释放出名为“利维坦3”的远古生化兵器。这些形似章鱼的怪物拥有钻石般坚硬的外壳，触须能分泌腐蚀金属的强酸，更可怕的是它们通过集体意识共享信息，形成覆盖整片冰原的猎杀网络。保护伞公司与R国残余势力趁机在南极圈建立“永夜基地”，妄图利用这些怪物完成终极病毒“诸神黄昏”的研发。
林悦带领的反抗组织联合“方舟”神秘势力，驾驶特制的破冰潜艇深入南极。海底裂缝中漂浮着数以万计的人类冷冻舱，每个舱内都封存着被改造成病毒载体的“活体兵器”，而基地核心的基因熔炉里，“诸神黄昏”病毒已完成99%的融合——这种病毒能通过极光辐射传播，一旦释放，将在72小时内摧毁全球免疫系统。
登陆冰原后，小队遭遇升级版的“雪晶傀儡”军团。这些新型守卫配备了能吸收热能的反物质护盾，普通武器攻击反而会增强其防御。在与傀儡的交锋中，林悦发现自身变异能力与利维坦3存在某种共振，她能短暂感知到怪物的行动轨迹。然而，“方舟”成员突然背叛，企图独吞“诸神黄昏”病毒样本，关键时刻，小雨黑入基地防御系统，启动了冻土之下的火山熔岩阀门。
当滚烫的岩浆冲破冰层，利维坦3的外壳在高温中开始龟裂。林悦抓住机会，引导岩浆灌入基地核心，与“诸神黄昏”病毒发生剧烈反应。爆炸的火光中，她与威廉·柏金的妻子艾琳娜展开最终对决。艾琳娜此时已完全变异成一座移动的病毒堡垒，其胸口的蔷薇状核心不断喷射致命孢子。林悦在生死边缘突破能力极限，将自身变异能量与火山热能融合成“炎狱之矛”，一举贯穿了艾琳娜的核心。
随着永夜基地沉入沸腾的岩浆海，林悦等人乘坐逃生舱逃离。但卫星监测显示，大气层中已出现诡异的紫色极光——“诸神黄昏”病毒虽未完全释放，却已产生变异分支。更令人不安的是，“方舟”组织首领通过加密通讯发来挑衅：“你们以为摧毁了病毒？真正的灾难，才刚刚开始……”林悦握紧手中沾染病毒的匕首，目光坚定地望向远方，新的战斗即将来临。
南极的岩浆吞没永夜基地后，诡异的紫色极光并未消散，反而以极地为中心向全球蔓延。林悦等人发现，这些极光携带的变异病毒能附着在人造卫星的太阳能板上，通过信号传输感染电子设备，进而控制无人机、智能机械等载体。保护伞公司的残余势力借此操控了数百架货运无人机，在全球各大城市投下“纳米孢子罐”——这些微型装置遇空气即分解，释放出能钻入人体血管的纳米机器人，将宿主转化为听从指令的“机械丧尸”。
反抗组织的新据点不断遭到机械丧尸潮与无人机蜂群的攻击，通讯网络也因病毒入侵陷入瘫痪。关键时刻，小雨在艾琳娜遗留的加密文件中发现线索：南极事件后，“方舟”组织已在近地轨道建造了巨型空间站“普罗米修斯号”，其搭载的粒子对撞机正在进行更疯狂的实验——试图将“诸神黄昏”病毒与暗物质融合，制造出能改写生物基因的“创世纪光束”。
为阻止这场灾难，林悦带领小队乘坐改装航天飞机突破大气层。空间站内，机械守卫与变异宇航员组成了死亡防线，其中最棘手的“量子幽灵”能在现实与虚像间切换，常规武器对其毫无作用。林悦在战斗中意外发现，自身变异能力产生的能量场能短暂扰乱量子态，她与队友配合，利用空间站的电磁屏障将敌人困入能量旋涡。
深入核心舱室后，他们终于见到了“方舟”首领——一位自称“观察者”的科学家，他坚信人类文明的进步需要经历“病毒筛选”的洗礼。此时，粒子对撞机已完成充能，创世纪光束即将发射。“观察者”冷笑着启动防御系统，释放出由暗物质与病毒融合的巨型生物“混沌之影”，其身躯不断扭曲重组，能吞噬周围的一切物质。
生死关头，小雨破解了空间站的自毁程序，但倒计时启动后，光束发射仍无法终止。林悦决定冒险一试，她将自身变异能量注入粒子对撞机，试图用反向共振抵消创世纪光束。在能量暴走的瞬间，她看到了病毒起源的记忆碎片——保护伞公司最初的实验，竟是为了应对一场来自外太空的未知威胁。
随着空间站在剧烈爆炸中解体，林悦等人乘坐逃生舱坠落地球。落地前，她成功扭转了光束方向，使其射向宇宙深处。然而，坠落在沙漠中的他们发现，地表出现了神秘的黑色晶体，这些晶体正在吸收周围的能量，散发着与“混沌之影”相似的波动。更远处的天空中，一艘刻满未知纹路的巨型飞船缓缓浮现，预示着这场生化危机的背后，还隐藏着更庞大的宇宙阴谋……
沙漠中的黑色晶体以惊人速度蔓延，所到之处沙粒凝结成尖锐的黑曜石荆棘，路过的飞鸟接触晶体后瞬间变异为布满金属质感鳞片的“蚀空鸦”。林悦等人在坠机地点发现，这些晶体竟与太空中那艘巨型飞船产生共振，飞船表面的纹路亮起猩红光芒，开始向地球释放一种能改写dNA螺旋结构的“星蚀脉冲”。
与此同时，全球天文台观测到诡异现象：月球表面浮现出蜂巢状的病毒培养舱，保护伞公司残留的AI系统“深蓝中枢”通过脉冲激活了这些装置。数十亿经过基因改造的“月尘孢子”如雨般坠落，一旦接触水源便会孵化成半透明的寄生体，钻入生物体内将其转化为无意识的“月蚀傀儡”。城市中的自来水系统、水库接连沦陷，就连深海鱼群也被感染，形成能吞噬船只的变异鱼潮。
为阻止星蚀脉冲的持续释放，林悦带领反抗组织与新崛起的民间武装“灰烬同盟”合作，驾驶配备反物质引擎的航天母舰“破晓号”升空。在突破大气层时，他们遭遇由蚀空鸦群组成的活体防护罩，这些变异生物通过晶体链接形成等离子屏障，甚至能模拟出敌方武器的攻击模式。陈玥萧操纵舰载电磁炮强行撕开缺口，却发现母舰的导航系统已被深蓝中枢入侵，航线正自动指向敌方飞船。
登上飞船后，内部景象颠覆认知：舱壁上生长着融合外星科技与生化病毒的“共生体矩阵”，每一块晶体都储存着不同文明的灭绝档案。更令人恐惧的是，“观察者”并未死亡，他的意识已上传至飞船主脑，其声音通过整个空间回荡：“星蚀计划是宇宙的筛选法则，地球不过是第79号试验场。” 他随即启动飞船的“基因收割者”系统，释放出能分解有机物质的纳米机械虫群。
小雨在矩阵核心发现惊人真相：保护伞公司最初接触的“外太空威胁”，正是这艘飞船遗留的远古病毒样本。而星蚀脉冲的真正目的，是将地球上所有生命体的基因图谱上传至宇宙，筛选出能适应星际环境的“完美物种”。林悦决定利用共生体矩阵的逆向程序，将星蚀脉冲转化为清除病毒的净化波，但这需要她的变异基因作为“钥匙”。
当林悦将自身能量注入矩阵时，她的意识被卷入星际数据流，目睹了无数文明因病毒灭绝的惨烈画面。在即将被数据洪流吞噬之际，陈玥萧与灰烬同盟的战士们拼死守护能量传输通道，小雨则黑入深蓝中枢，将AI的恶意代码注入观察者的意识空间。最终，净化波成功发射，月球上的病毒培养舱相继爆炸，飞船也在能量反噬中开始解体。
然而，在“破晓号”撤离时，林悦感知到宇宙深处传来更强大的波动——那里存在着操控飞船的“星蚀议会”，而地球不过是他们庞大实验中的微小一环。望着舷窗外逐渐消散的紫色星云，林悦握紧沾染晶体碎片的手掌，她知道，人类与生化危机的对抗，已经从地球保卫战演变成了跨越星系的生存之战。
在星蚀危机暂告段落之际，反抗组织截获的量子加密通讯显示，R国与m国的残余势力并未因飞船坠毁而收手。相反，他们在马里亚纳海沟最深处的“深渊之城”秘密重启合作，利用星蚀飞船残骸中的外星科技，着手研发能吞噬一切有机物质的“熵灭病毒”。这种病毒以纳米机器人为载体，如同活体黑洞般将生命体分解成基本粒子，所过之处只剩虚无。
林悦带领小队伪装成深海科考队潜入海底基地，却发现这里早已被改造成一座钢铁与血肉共生的诡异堡垒。墙壁上蠕动着由人类基因与外星共生体融合的“血肉管道”，不断输送着紫色的病毒原液。巡逻的机械守卫装备着从飞船残骸逆向工程而来的“湮灭射线”，被击中的物体将直接从现实中消失。
更令人震惊的是，R国与m国的核心成员已将自己改造成“机械宿主”——他们的大脑被封存在水晶容器中，身体则是由外星合金与生化组织构成的战争机器。m国军事承包商头目“铁刃将军”全身覆盖着能吸收能量的纳米装甲，而R国生化专家“影月博士”背后生长着十二对能释放病毒孢子的机械翼。
在基地核心，小雨发现了他们的终极计划：通过海底火山的地幔能量启动“熵灭核心”，制造出能覆盖全球海洋的病毒风暴。一旦海水被完全分解，陆地生物将因生态链断裂而迅速灭绝。而此时，“深渊之城”的警报骤然响起——星蚀议会残留的探测器已锁定地球坐标，即将派遣先遣舰队进行“文明清理”。
林悦在与铁刃将军的战斗中，意外触发了体内外星共生体的隐藏能力，她能短暂将自身转化为能量态，穿透敌人的防御。陈玥萧则驾驶改装的深海机甲，用反物质鱼雷摧毁了基地的动力系统。但影月博士趁机启动了熵灭核心，紫色的病毒云开始吞噬周围的海水。
千钧一发之际，小雨黑入星蚀飞船残骸的导航系统，将星蚀议会舰队的坐标修改为“深渊之城”。当外星战舰的湮灭光束袭来时，林悦等人乘坐逃生舱急速上浮。在剧烈的爆炸中，铁刃将军与影月博士在能量乱流中灰飞烟灭，但海底深处传来的异动显示，熵灭核心并未完全摧毁，而星蚀议会的先遣舰队，已调转航向朝着地球驶来……
马里亚纳海沟的爆炸掀起千米巨浪，逃生舱中的林悦等人在剧烈颠簸中失去意识。当他们苏醒时，发现自己被神秘组织“新纪元”救起——这个由全球顶尖科学家、前保护伞工程师组成的团体，早已在喜马拉雅山脉深处建造了名为“方舟穹顶”的终极避难所，储备着对抗所有已知病毒的血清与科技。
然而，更严峻的危机接踵而至。星蚀议会的先遣舰队抵达太阳系，其释放的“维度锚点”将月球逐渐分解成环绕地球的环状带，宇宙辐射与病毒孢子顺着裂缝倾泻而下。与此同时，海底残留的熵灭核心持续释放不稳定能量，将太平洋岛屿逐一吞噬，形成一片不断扩张的“虚无之海”。
为扭转局势，林悦与新纪元团队启动“火种计划”：用外星科技与地球文明的融合产物，建造能穿越维度的“曙光号”战舰。小雨通过解析星蚀飞船残骸，发现议会的弱点——他们的科技依赖于一种名为“熵晶”的能量源，而地球地核深处恰好存在这种物质的原始矿脉。
在潜入地核的过程中，小队遭遇被病毒异化的地心生物“熔炎巨像”，其流淌着岩浆的躯体每一次震动都能引发地壳运动。林悦的共生体能力在此刻彻底觉醒，她与地心能量共鸣，将自身化作“活体导体”，引导地核的电磁风暴摧毁了巨像。而陈玥萧带领的工程队则成功开采出熵晶，为曙光号注入足以对抗星蚀舰队的能量。
决战时刻，曙光号突破大气层。面对由数百艘战舰组成的星蚀阵列，新纪元团队启动秘密武器“文明回响”——这是将人类历史上所有艺术、科学与情感记忆转化成的能量波，能瓦解议会基于纯粹理性的科技系统。林悦作为能量接口，将自身变异基因与全人类的意志连接，在意识洪流中，她看到了星蚀议会的真相：他们本是更古老文明的“病毒清道夫”，却在无尽的宇宙征战中，逐渐迷失为毁灭本身。
随着文明回响的冲击，星蚀舰队的武器系统相继瘫痪。林悦趁机驾驶搭载熵晶炸弹的穿梭机，冲入议会旗舰核心。爆炸的光芒中，她的意识与宇宙能量融为一体，彻底清除了所有病毒威胁，并重写了星蚀议会的底层程序，将其转化为守护宇宙文明的力量。
当曙光号缓缓降落在重生的地球上，曾经的虚无之海已被新生的生态系统覆盖，人类开始在新纪元的曙光中重建文明。林悦站在方舟穹顶的观景台上，望着远处孩童在草地上嬉戏的身影，终于露出释然的笑容。而在宇宙深处，经过改造的星蚀舰队正默默守护着银河系的每一个文明火种，确保生化危机的悲剧永不重演。