“吴又可！《瘟疫论》！苍天有眼，竟让朕在此危难之际，遇到了你！” 崇祯皇帝只觉得浑身的血液都在沸腾，连日来因鼠疫而产生的绝望和无力感，仿佛被这意外的重逢驱散了大半！他立刻意识到，吴又可的理论和经验，或许正是拯救京师、拯救大明的关键！
他当机立断，立刻传召方正化：“方伴伴！速速派人，去查访吴先生的《瘟疫论》手稿！无论是在其家中，还是流传于坊间，用最快的速度给朕找到！找到后，立刻交由司礼监经厂，选取最好的工匠，用最快的速度雕版、印刷！给朕印……先印一万册！不！十万册！用内帑的银子！将此书火速分发至京师及九边各地的惠民药局、军中军医营！务必让所有大夫、军医，都能看到此书！” 他知道，改变观念，传播正确的防疫知识，是控制疫情的第一步！
安排完印书之事，崇祯才将目光重新投向吴又可，眼中充满了期盼：“吴先生，既然你对这时疫（古人对瘟疫的称呼）有如此精深的研究，请务必告知朕，当如何应对？京师疫情汹汹，朕……实在是束手无策啊！”
吴又可躬身道：“陛下谬赞，草民不敢当。依草民多年观察与诊治经验，此次京师所发之疫，并非伤寒、亦非温病，而是一种特殊的‘疠气’所致。此气无形无质，然毒力甚猛，可随口鼻吸入，亦可由疫者衣物、用具沾染而传播。欲制此疫，非一方一药可解，需多管齐下。”
他条理清晰地提出了自己的方案：“其一，需立刻昭告全城百姓，明示此疫传染之途径，教导百姓勤洗手、戴布巾、勿食生冷、避免聚集；其二，凡有发病之家，必须立刻上报，将病患严格隔离于单独处所，严禁探视，阻断传播；其三，疫死者之尸身，绝不可按常例安葬，必须尽快集中火化，彻底焚毁，以绝疠气之根；其四，草民亦有几副针对此时疫不同阶段症状的方剂（如达原饮等），配合隔离、消毒等法，或可有效救治病患。”
“若依先生之法，多久可见成效？” 崇祯急切地问道。
吴又可沉吟道：“陛下，雷厉风行之下，三五日内，新增病例或可稍有遏制。但要彻底扑灭这已然蔓延全城的疫情，恐怕……至少需要一个月以上的时间，且需官民上下，齐心协力，严格遵行，方有可能。”
崇祯听完，心中已有计较。“吴先生，你身负济世之才，值此国难，朕欲请你出山，委以重任！朕想请你入太医院供职，专司此次抗疫事宜，你看如何？”
没想到，吴又可闻言却摇了摇头，拱手道：“多谢陛下抬爱。然草民闲云野鹤惯了，且……太医院规矩森严，门户之见甚重，草民恐难适应，更怕因俗务缠身，反而耽误了抗疫大事。草民曾在太医院短暂供职，深知其中……难处。” 他言语间，显然是对太医院的官僚作风和排挤倾轧心有余悸。
崇祯立刻明白了。这位吴先生，是个有真才实学、却不屑于官场俗套的耿直之士。强行将其纳入太医院，恐怕反而不美。“好！朕尊重先生的选择！” 崇祯当机立断，“官职不过虚名，朕要给你的，是实权！”
他朗声道：“传朕旨意！封吴又可为‘太子太保’荣衔！赐其妻为‘从一品诰命夫人’！最重要的是，自今日起，京师内外一切抗疫防疫事宜，皆由吴又可全权总揽！西厂提督曹化淳、京营提督张世泽，皆需听从吴先生调遣，全力配合！凡吴先生所需之人、所需之物、所需之权，一律优先供给！有敢阳奉阴违、掣肘阻挠者，先斩后奏！朕要让全京城都知道，吴先生之命，便是朕之命！”
这番任命，不可谓不石破天惊！一个没有任何功名的“草民”医者，竟被授予太子太保的虚衔、其妻被封为一品诰命，更被赋予了节制厂卫、京营的滔天权力！这简直是闻所未闻！
吴又可自己也惊呆了！他本以为能得到皇帝的认可，允许他放手施为已是万幸，却万万没想到，皇帝竟会给予他如此之高的荣誉和如此之大的权力！巨大的激动涌上心头，他几乎要热泪盈眶，连忙跪倒在地：“草民……草民何德何能，敢受陛下如此厚恩！草民定当……定当粉身碎骨，竭尽所能，扑灭瘟疫，以报陛下知遇之恩！”
但激动过后，随之而来的是沉甸甸的压力。整个京师的命运，无数人的生死，似乎都压在了他一个人的肩上。万一……万一自己的方法无效，或是推行过程中出了纰漏，那后果……他简直不敢想象！
在他领旨谢恩，准备告退去安排具体事宜时，一直侍立在旁的方正化悄悄跟了上来，低声提醒道：“吴太保，恭喜了。陛下对您信任有加，乃是万民之福。只是……您如今身负皇命，手握大权，行事务必谨慎，言语更需小心。宫廷内外，人心复杂，切记防人之心不可无啊。” 方正化见识过太多的起落浮沉，善意地提醒着这位骤登高位的“新人”。吴又可感激地点了点头，将这份提醒记在了心里。
吴又可知道，抗疫的第一步，必须摸清底细，而人口最密集、流动性最大、也最容易爆发大规模疫情的地方，莫过于军营！他立刻带着皇帝的手谕和几名随从，马不停蹄地赶往了京营所在的校场。
英国公张世泽和甲子营提督董琦早已接到旨意，在此等候。张世泽虽然表面上对这位皇帝新任命的“吴太保”毕恭毕敬，但眼神中却难掩一丝疑虑和审视。在他看来，将如此重要的抗疫大权，交给一个名不见经传的“江湖游医”，实在有些儿戏。但他还是按照吴又可的要求，如实汇报了各营的疫情状况。
情况比吴又可预想的还要严峻！虽然张世泽整顿后的老京营和周经武带来的神武军，因为纪律相对严明、且有独立营区，疫情尚算轻微。但董琦负责的、由大量流民和囚犯组成的甲子营，以及刚刚成立的幼军营，因为人员混杂、居住拥挤、卫生条件差，已经成了瘟疫爆发的重灾区！“什么？！甲子营和幼军营加起来，已经死了近百人了？！” 吴又可闻报大惊失色！
“情况万分紧急！” 吴又可当机立断，对着张世泽和董琦下达了命令，语气不容置疑，“必须立刻对甲子营和幼军营进行最严格的隔离！所有病患立刻转移到临时设立的隔离营区！所有死亡士卒的尸体，立刻拉到城外集中焚烧！所有营区，每日必须用石灰、艾草进行消毒！此事关乎京师安危，更关乎皇宫安危！绝不容许疫情从军营蔓延开来！英国公，董提督，本官需要你们立刻调集人手，全力配合！”
张世泽看着眼前这个貌不惊人、却语气坚决、条理清晰的“江湖游医”，虽然心中仍有疑虑，但对方手持尚方宝剑般的皇权，又言之凿凿，他也只能拱手领命：“下官……遵命！”
一场由吴又可主导，以雷霆手段推行的抗疫之战，首先在京师的军营中，艰难地打响了。