在成功关闭废弃工厂地下室的黑暗旋涡后，林羽、大雄和哆啦 A 梦拖着疲惫但满是欣慰的身躯离开了那座阴森的工厂。城市的街道上，人们依旧如往常一样忙碌着，丝毫不知刚刚在城市边缘发生了一场关乎世界存亡的危机。
回到大雄家，三人瘫坐在客厅的地板上，回想着刚才惊心动魄的一幕，都心有余悸。“呼，这次真的是太惊险了，差点我们就……”大雄心有余悸地说道，声音还带着一丝颤抖。哆啦 A 梦也点头附和：“是啊，还好林羽关键时刻获得了新技能，不然我们可就麻烦大了。”
林羽看着系统界面上任务完成的提示，5000 积分已经到账，心中却没有太多喜悦。他知道，黑袍人所说的世界失衡并非一次简单的危机，这次只是暂时的缓解，说不定还有更大的麻烦在后面。“我们不能放松警惕，这次虽然解决了眼前的问题，但世界失衡带来的影响可能还远未结束。”林羽一脸严肃地说道。
果然，几天后，学校里开始出现一些奇怪的现象。一些同学在课堂上突然陷入昏迷，醒来后却对之前发生的事情毫无记忆。而且，校园里时不时会出现一些诡异的幻影，一闪而过，搞得人心惶惶。老师们对此也束手无策，只能加强校园巡逻，但情况并没有得到改善。
林羽意识到，这可能是世界失衡后残留的黑暗力量在作祟。他找到大雄和哆啦 A 梦，商量应对之策。“看来我们得在学校里好好调查一下，找出这些怪异现象的根源。”林羽说道。大雄虽然有些害怕，但还是坚定地点点头：“好，我们一起去查。”哆啦 A 梦也从口袋里拿出“线索放大镜”，说：“这个可以帮助我们找到一些隐藏的线索。”
三人趁着午休时间，开始在校园里四处搜寻。他们先来到了最早出现同学昏迷的教室，用线索放大镜仔细检查每一个角落。在教室的角落，放大镜发出了微弱的光芒，显示这里有奇怪的能量残留。顺着能量残留的痕迹，他们来到了学校的旧图书馆。
旧图书馆因为年久失修，平时很少有人来。当他们推开门时，一股陈旧的气息扑面而来。图书馆内布满了灰尘，书架上的书籍也大多破旧不堪。他们在图书馆里小心翼翼地走着，突然，听到了一阵轻微的抽泣声。
顺着声音的方向找去，他们发现一个小女孩的幻影正坐在地上哭泣。这个幻影半透明，散发着微弱的蓝光，看起来十分可怜。林羽壮着胆子走上前去，问道：“你是谁？为什么在这里哭？”幻影小女孩抬起头，用悲伤的眼神看着他们，说：“我被困在这里了，这里有一股黑暗的力量，它不让我离开。”
林羽皱了皱眉头，看来这就是问题的关键之一。“你知道这股黑暗力量是从哪里来的吗？”他继续问道。小女孩幻影摇了摇头：“我不知道，我只记得突然有一天，这里就变得很可怕，有好多黑暗的东西出现。”
就在这时，图书馆的门突然“砰”的一声关上了，四周涌出了许多黑影，这些黑影比在废弃工厂遇到的更加狰狞恐怖。黑影们张牙舞爪地向他们扑来，林羽迅速召唤出火焰剑，大雄则躲在哆啦 A 梦身后。哆啦 A 梦急忙拿出“烟雾弹”扔了出去，暂时挡住了黑影的视线。
“我们不能在这里坐以待毙，得想办法找到黑暗力量的源头，解除对这个小女孩幻影的束缚，说不定这些黑影就会消失。”林羽在烟雾中喊道。三人摸索着在图书馆里寻找，他们发现书架后面有一道暗门。
打开暗门，里面是一条狭窄的通道，通道里弥漫着刺鼻的气味。沿着通道往前走，尽头是一个类似地下室的空间。在地下室的中央，有一个散发着黑色光芒的球体，球体不断向外散发着黑暗能量，正是这些能量影响了整个学校。
林羽刚想靠近球体，黑影们就疯狂地扑了过来。这次黑影的数量更多，力量也更强，火焰剑的攻击只能暂时击退它们。大雄和哆啦 A 梦也拿出各种道具帮忙，大雄用“放大灯”将一些黑影放大，使其行动变得迟缓，哆啦 A 梦则用“记忆面包”扔向黑影，试图干扰它们的行动。
林羽一边与黑影战斗，一边思考如何破坏这个黑色球体。他发现，之前获得的光明裁决之力