却说周奇被海森软禁了，那他的杰作阿尔法呢？
阿尔法的躯体依旧处于关机状态，但他的核心程序被移了出来，呈现在一个虚拟的空间中，看起来就像是一个复杂的大脑，海森、拉佛与一种科学家则在旁边试图改写阿尔法的程序。
但这可不是一件简单的事情，他们已经为此不眠不休了好几个月了，仍然没有成功，但也不是一点收获也没有，透过周奇的研究，他们已经能够控制其他觉醒的终结者，但这对于海森来说远远不够。
一日，拉佛突然提出了一个大胆的建议，说道：“博士，阿尔法的程序中的防护功能太过强大，要破解、改写他，只怕会花上很多时间，而且成功的概率也不高。”
海森看了看拉佛，说道：“那你的建议是？”
海森知道拉佛不是那种会说没意义的话的人，既然提出了质疑，那拉佛的心中肯定有更好的做法。
拉佛道：“不如我们写一套程式。”
拉佛所说的海森还真没想过，便问道：“你是说电脑病毒？”
拉佛道：“对，就是电脑病毒，和现在这样一个个的破解他的程序比起来，不如让病毒去做这件事。”
海森想了想后说道：“确实，阿尔法的程序是变动的，就像那小子说的一样，他的程序具有自我思考的功能，有时候我们好不容易破解他的一串代码，下一刻，他就自我修复，并用更难破解的程序将我们挡在外面，这样下去不知道什么时候才能破解他，但如果用你说的方法的话，那我们只要将心力用在研究出一个能够植入他系统的病毒就好了，之后就让病毒去运作。”
拉佛道：“我就是这个意思。”
海森也觉得拉佛说的有道理，但隐隐觉得哪里不妥，说了一句但后，便摇了摇头，似乎在考虑什么，拉佛问道：“有什么问题吗？”
海森没有立刻回答，而是隔了好一会后才说：“你这方法确实是可行，但我担心的是，那被病毒破解后的阿尔法还是原本的阿尔法吗？我们能像控制其他终结者一样控制他吗？”
拉佛道：“如果是一般的终结者，这方法或许行不通，但是对阿尔法却可以。”
海森道：“你是认为，因为他具有意识，想要生存下去，所以如果我们手上握有病毒解药的话，他就会受制于我们。”
拉佛道：“不愧是博士，我们就是这个意思。”
海森道：“你们呢，都认为这方法可行吗？”
说这话时，海森的目光看向其他的科学家，他们也都点头回应。
而后海森又朝虚拟空间中阿尔法的程序看去，心想：“如果他不能为我们所用的话，那他再完美对我又有什么意义呢？拉佛所提的方法就像在他身上装了一颗定时炸弹一样，如果他想活的话，他就必须听我的，可这样不就代表我输给那小子了……”
又过了好一会，海森才下定了决心，说道：“好吧，就听你们的。”
从那之后，海森等人研究的方向就改变了，不再是照着阿尔法的程序走，而是朝摧毁他程序的方向走。
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却说在海森等人对付周奇与阿尔法的时候，王建、艾莉塔与节奏三人如何了？
在超级血清的帮助下，王建等三人都保住了性命，那被阿尔法强行『加装』在他们身上的机械也被拆下来了，还替王建和艾莉塔的伤口处装上力量和终结者一模一样的机械手臂和腿，和上次阿尔法帮他们『加装』不同的是，这是完全可由他们两人意识控制的，由于伤势过重，三人昏迷了好一阵子才醒来。
王建睁眼后，深深的吸了一口气，笑道：“哈哈哈，我又回来了，哈哈哈哈哈，看来我命大到连地狱都容不下，好运，好运啊。”
艾莉塔则是看着自己的身体，伸手用力的握了握，他感觉自己的身体似乎有什么不同，但光从外表上又看不出来有什么不一样。
急性子的节奏清醒后是则是直接揪住一旁的救护人员，问道：“我躺了多久？中间你们有没有对我做什么？”
救护人员都知道这三人可不是什么良善之辈，杀人对他们来说简直跟吃饭一样容易。
那被节奏抓住的救护人员吓得说道：“没……没有……什么都没有……”
节奏自然不信，掐住他的手就稍一用力，再次问道：“没有？”
节奏本来的力气就大，在血清的帮助下，他的各项身体机更是提升了不少，这稍一用力居然硬生生将那倒楣的救护人员给掐死了，节奏自己也楞了一下，喃喃道：“这家伙怎么这么胆小，不过就问你个话而已，居然这样就吓死了。”
节奏还没意识到自己的身体出现的变化，真以为那人是被吓死的，而后又将目光看向其他的人，又问了一次：“真的没有？劝你们说实话，不然我让你们一个个死的比他还惨。”
节奏一边说一边用充满杀意的眼神看着剩下的人，一救护员还真怕被节奏给杀了，便说道：“有......”
还没等那人说完，节奏便说道：“有，果然有，我就知道，说，你们在我们身上做了什么奇怪的实验？”
节奏这话一出，王建和艾莉塔两人也看向了那些人，会让他们这样紧张，自是因为他们知道这里的人曾经做哪些事，被这三人眼神给盯住的感觉简直就像是死神的镰刀架在自己的脑袋上一样。
艾利塔对王建说道：“看来这次把你救回来的不是运气，而是其他的东西啊。”
王建啧了一声，喃喃道：“不会把我们也变成那些怪物了吧，如果是的话，我倒想知道我会得到什么样的超能力。”
跟着就看王建缓缓的站了起来，他没有和节奏一样逼问救护人员，但所发出的压力却比节奏更强大，救护人员纷纷吓道：“这……不关我们的事，是博士下的命令……”
王建嗯了一声，但显然不满意这样的答案，继续朝那人走去，就在王建要出手的时候，医疗室的门开启了，进来的人正是海森，原来在节奏失手将救护人员杀死的时候，就有人按下了紧急按钮通知海森。