唐代之前女娲能够取得如此至高无上的地位，究其历史文化根源，在于原始母系社会女性崇拜观念的遗传。女娲造人造物以及补天济世的传说，都是其神话残余。而作为母系社会女性崇拜的极至，女娲进入“三皇”之列是合乎历史本来面目的。
甚至有理由作出这样的臆测，女娲当年在先民心目中的地位，可能比人们当今的了解和认识要较高。对于甲骨卜辞中有关祭“东母”和“西母”的记载，过去一般将其解释为日月之神。现代有人从原始的二方位空间意识出发，将东母西母分别解释为女娲和西王母。从女娲在远古时期曾经有过的“三皇”地位和母系社会女神的普遍地位来看，这种说法是可以相信的。
神话的历史移位，照样需要适合的生存土壤。一个男权社会，尤其是儒家一统天下的中国封建社会，是可以有足够的力量让借助母系社会女权观念而在中国历史的政治舞台上占有一席之地的女娲的女皇地位受到了质疑，并将其排挤出去的。
司马贞《补史记》载：“女娲氏亦风性，蛇身人首，有神圣之德，代宓牺立号曰女希氏。无革造，惟作笙簧，故《易》不载。不承五运，一曰女娲亦木德王。盖宓牺之后，已经数世，金木轮环，周而复始。特举女娲以其功高而充三皇，故频木王也。”（《三皇本纪》载[31]）
鉴于司马迁《史记·五帝本纪》之前历史的缺失，司马贞以《三皇本纪》为其立传。但其对三皇之一的女娲的态度，却是承袭了汉代以来对女娲这一女性神帝的冷漠和贬低的说法。一方面，他无法回避前代母系社会有关女娲圣德传说的遗闻，承认女娲有“神圣之德”。另一方面，他却为把女娲排除三皇之外寻找各种理由和根据。首先，他对女娲造人、补天等人所共知的功德视而不见，认为女娲除了“作笙簧”之外，没有什么功德可言。并以此作为《易经》没有收录女娲事迹的原因。
女娲泥塑
其次，他还用秦汉以来的“五德终始”说来解释女娲被排除三皇之外的理由。按照他的解释，自伏羲后经过了数代，金木水火土五德循环了一圈，所以轮到女娲时应该又是木德。然而女娲无论是抟土造人，还是炼石补天，都显示出其土德的内质。所以女娲是“不承五运”。
类似的说法还有唐代丘光庭：郑康成以伏羲、女娲、神农为三皇。宋均以遂人、伏羲、神农为三皇。《白虎通》以伏羲、神农、祝融为三皇。孔安国以伏羲、神农、黄帝为三皇。明曰：“女娲、遂人、祝融事经典未尝以帝皇言之，又不承五行之运。盖霸而不王者也。”（卷一）
可见女娲因不承五运而淡出女皇行列的说法到唐代已经相当普遍。而到了宋代理学家那里，干脆就赤裸裸地指出，作为女人，女娲和武则天一样，根本就不应该出头露面，过问政治，宋程颐说：“妇居尊位，女娲氏、武氏是也，非常之变，不可言也，故有黄裳之戒而不尽言也。”同代的鲍云龙在程颐的基础上则更加直接地指出女娲之类女子参政的荒谬性：“阴不可以亢阳，臣不可以抗君，妇不可以抗夫，小人不可以抗君子。程子曰：臣居尊位莽卓是也。犹可言妇居尊位，女娲氏、武氏是也。非常之变不可言也。”
于是乎，